По его идее в Америке создана джульярдская школа, которая воспитала Ван Клиберна и многих других выдающихся музыкантов. А учителем Ван Клиберна была Беси-Левина. И Иосиф Левин, и Беси-Левина тоже ученики Сафонова. Ван Клиберн называл Сафонова своим «музыкальным дедом».
Василий Ильич фактически стал одним из основоположников русской пианистической школы, выдающимся русским дирижером, педагогом и общественным деятелем, одним из наиболее авторитетных представителей музыкальной культуры России в конце XIX— начале XX века. Сподвижник Петра Ильича Чайковского.
С 1917 г. Сафонов жил в Кисловодске, в доме, который унаследовал от отца. Его авторитет в дореволюционной России был общепризнан. Дирижерское мастерство Сафонова высоко ценил Н.А. Римский-Корсаков, а А.К. Глазунов называл его лучшим дирижером современности. Под управлением Сафонова – дирижера состоялись московские и заграничные (отчасти и мировые) премьеры сочинений П.И. Чайковского (Шестая симфония, 1893; Третий концерт для фортепиано с оркестром, 1896), А.Н. Скрябина (Концерт для фортепиано с оркестром, 1897), Н.А. Римского-Корсакова (увертюра «Светлый праздник», 1891; симфоническая картина «Садко», 1893; кантата «Свитезянка», 1898 и др.), С.В. Рахманинова (Первый концерт для ф[ортепиано] с орк[естром], 1892; фантазия «Утёс», 1894), А.К. Лядова («Музыкальная табакерка», 1898), А.К. Глазунова (симфоническая фантазия «Море», 1892; Шестая симфония, 1898 и др.), А.Г. Рубинштейна, А.С. Аренского, М.М. Ипполитова-Иванова, С.Н. Василенко. Обширное и красочное описание дирижёрской работы Сафонова дал в поэме «Первое свидание» Андрей Белый.
В советские годы в последний период жизни В.И. Сафонов находился под негласным запретом и не освещался. В новаторском пособии по игре на фортепиано «Новая формула» (Лондон, 1916) призывал студентов к «честному служению благородному искусству музыки» – принципу, которому следовал сам всю свою сознательную жизнь. Близость его дочери Анны с адмиралом Колчаком вызвала враждебное отношение советской власти к великому музыканту. И в последние месяцы жизни Василия Ильича большевики глумились над ним и его семьей, выводя их (неоднократно) якобы на расстрел, но всякий раз в последний момент отменяли казнь. В один из таких пыточных дней (в феврале 1918 г.) Сафонов скоропостижно скончался от сердечного удара.