К моменту их прихода наследственный аристократ Полонай со своей девятитысячной армией уже стабилизировал положение.
В награду за это он в 1728 году получил княжеский титул и право управления всей страной. Для постоянного контроля над Тибетом Иньчжэнь оставил в Лхасе двух цинских резидентов и тысячный гарнизон.
Внутренние события в Тибете ускорили установление контроля над ним маньчжурами при следующем императоре – Айсиньгиоро Хунли (правил под девизом «Цяньлун»).
Умершему Полханасу в 1747 году наследовал его сын Гьюрмэ-Намгьял.
Стремясь освободиться от маньчжурского контроля, он задумал вооружённое выступление, стал собирать войска якобы для борьбы с ойратами и установил связь с Джунгарским князьями.
В 1750 году маньчжурские наместники убили Чжурмэд-намчжала.
Это привело к народному восстанию в Лхасе и расправе над маньчжурами.
В ответ Хунли организовал третий поход цинских войск на Тибет. В 1751 году, стремясь ещё больше разобщить страну, он передал управление ею уже не двум лицам, а четырём министрам-правителям, подчинив их Далай-ламе. Ханские и княжеские титулы упразднялись.
По всем важным делам министры-правители должны были советоваться с наместниками; права последних расширились, а цинский гарнизон в Лхасе был увеличен. Всякие связи с Джунгарским ханством запрещались. Многие авторы (исходя в основном по китайским источникам) считают, что Тибет стал частью империи Цин, другие доказывают, что он стал зависимым государством, а не «частью Китая».
Тибет не имел собственной чеканной монеты, и пользовался старой непальской (мохар). После завоевания непальских княжеств королевством Горкха, его правитель Притхви Нараян Шах изъял в 1769 году старую и ввёл новую монету.
Начались переговоры о внедрении в Тибете нового мохара и о его курсе, но они не дали результатов.
Тогда правитель Непала и его регент Батур Се в 1788 году начали войну, и разграбили Тибет, но пришедшие на помощь Тибету китайско-маньчжурские войска разгромили непальцев и дошли до Катманду. По заключённому в 1792 году договору непальский правитель обязался не нарушать границ Тибета, вернуть награбленное, и признал себя данником Цинской империи.
Победу над Непалом в 1792 году Хунли и Хэшэнь использовали для укрепления в Тибете маньчжурского влияния.
Цинское наместники получили право участвовать в назначении и смещении министров и чиновников, в контроле над финансами и инспектировании границ, то есть были поставлены в равное положение с Далай-ламой и Панчен-ламой.