Из укреплений же на Перекопе командующему удалось обнаружить только турецкий вал, старую крепость Ор-Калу и старые белогвардейские окопы, возведенные оборонявшимися здесь в 1920 году войсками Врангеля.
Командующий пришел к выводу, что для уверенной обороны Перекопа необходимы как минимум три линии обороны: в районе турецкого вала, вторая линия обороны и тыловой рубеж в районе Ишуни. Как вспоминал позднее сам Батов, «о степи за Ишунью мы пока не решались и думать из-за недостатка сил».
Планировалось усилить Перекопский вал противотанковыми препятствиями, а также превратить в опорный пункт совхоз «Червоный Чабан», находившийся несколько впереди. Второй рубеж, который решено было оборудовать на линии Будановка – Филатовка, должен был пока состоять только из траншей и окопов; также решено было начать укреплять район Ишуньского Пятиозёрья.
Первый вариант плана инженерного обеспечения обороны Крыма, разрабатывавшийся начальником инженерной службы 9-го ОСК подполковником Аболяевым в соответствии с полученными указаниями Ставки, был закончен только 27 июля 1941 г.
Командующий войсками Южного фронта генерал армии Тюленев своей директивой отклонил представленный план. В соответствии с требованием Ставки ВГК командование фронтом предложило вести инженерную подготовку с учетом вероятности изолированной обороны Крыма, снова сделав упор на защиту высадочных районов. Предложенный Батовым вариант защиты полуострова был признан недостаточным и предусматривающим лишь противопехотную оборону Крыма в виде слабых и разрозненных отдельных оборонительных пунктов, без учета танковых атак, артиллерийских ударов и ударов авиации.
При этом особое внимание командованием фронта все-таки обращалось на укрепление северного рубежа полуострова: Перекоп – Геническ, который был признан слабо подготовленным.
Для руководства работами разрешалось сформировать одно управление военно-полевого строительства, привлечь с помощью республиканских властей инженерно-технический состав, местное население, транспорт и материальные ресурсы.
В начале августа 1941 г. новый план обороны Крыма был утвержден. Он предусматривал строительство двух полос обороны на севере – Перекопской и Чонгарской, а на юге – Ишуньской. Северная позиция рассматривалась как основная. На ее укрепление были направлены все усилия военных и гражданских руководителей республики.