Следует отметить существование заметных различий в немецкой и итальянской религиозной политике на оккупированных территориях Юго-Восточной Европы. Германские ведомства в принципе придерживались антицерковной позиции, поэтому в целом их религиозная политика была значительно более жесткой, иногда открыто враждебной. Однако из тактических соображений некоторые службы Третьего рейха, прежде всего Министерство иностранных дел и различные его представители, нередко поддерживали Православную Церковь против Католической, как более слабую сторону (в том числе в Хорватии). Итальянская администрация, наоборот, активно способствовала расширению влияния Католической Церкви, но при этом в целом вела себя более лояльно, чем немецкая, и в отношении других конфессий.
Неблагоприятные для Третьего рейха перемены в позиции Православных Церквей Юго-Восточной Европы на завершающем этапе войны в конце концов заставили германские ведомства внести некоторые коррективы в свое отношение к РПЦЗ. Проводившаяся с начала войны политика по возможности полной изоляции Архиерейского Синода в Белграде неукоснительно осуществлялась до сентября 1943 г. Все попытки членов Синода получить разрешение на встречу с архиереями оккупированных областей СССР или даже с епископами своей Церкви в других европейских странах оканчивались безрезультатно.
С осени 1943 г. под влиянием военной и внешнеполитической ситуации германские ведомства начали предпринимать безуспешные попытки использовать для воздействия на балканские Церкви архиереев оккупированных территорий СССР и РПЦЗ, при сохранении в основном прежнего недоверия и политики изоляции последней. Венская конференция иерархов Русской Православной Церкви Заграницей в октябре 1943 г. была в этом плане единственным крупным исключением (в сентябре 1944 г., ввиду приближения советских войск, Архиерейский Синод переехал из Белграда в Германию, переселившись позднее в США). Осенью 1943 г. германское влияние на Православные Церкви Юго-Восточной Европы было окончательно утрачено, и в этой сфере Третий рейх фактически потерпел поражение еще за год до своего военного разгрома на Балканах. К концу 1943 г. нацисты практически полностью проиграли СССР пропагандистскую войну в церковной области, что было особенно заметно на примере балканских стран. Так завершился «крестовый поход» под знаком свастики на Восток.