В процессе сбора материалов составители некрополя натолкнулись на нежелание монастырских и кладбищенских властей допускать их описывать кладбища. Эта проблема была решена благодаря письменным обращениям великого князя, частным ходатайствам обер-прокурора Св. Синода К. П. Победоносцева и официальному разрешению Московской духовной консистории. Тексты надписей заносились на карточки. Так, в июле и августе 1904 г. ученые описали половину московских кладбищ, составив до 10 тысяч биографических карточек. Одновременно велась работа по сбору сведений из опубликованных источников, которой руководил Б. Л. Модзалевский[34].
«Московский некрополь», сообщающий сведения о десятках тысяч захоронений на московских кладбищах, ныне в большинстве уничтоженных, имеет огромное практическое значение. В нем встречаются ошибки при воспроизведении текстов или передаче информации, сообщаемой эпитафией, но они попадаются редко. Немаловажное значение принадлежит «Московскому некрополю» и в методическом плане: помимо того, что это наиболее полный и обширный справочник по персоналиям, погребенным на московских кладбищах, он явился образцом для дальнейших исследований подобного рода, т. к., в этом издании впервые были широко использованы данные натурных исследований и письменных источников. Продолжением программы великого князя по изданию некрополей стали «Петербургский некрополь», подготовленный В. И. Саитовым (в четырех томах)[35], «Русский провинциальный некрополь», работу над которым вел историк и архивист В. В. Шереметевский[36], и «Русский некрополь в чужих краях», которым занимался В. М. Андерсон[37].
Интересна судьба «Русского провинциального некрополя». Он был издан в 1914 г. в одном томе, включающем надгробные надписи с кладбищ северных и центральных губерний. Остальной материал – весьма обширный и значимый – издать не удалось из-за начавшейся Первой мировой войны. Д. Н. Шилов подробно исследовал работу над этим проектом, обнаружил в архиве неопубликованные материалы и начал их публикацию[38].
Особо стоит выделить исследования архитектора В.А. Гамбурцева, посвященные художественному стилю русских средневековых надгробий. Работы В.А. Гамбурцева не были опубликованы и сохранились в виде черновиков в его личном фонде[39]. В.А. Гамбурцев еще в 1880-х гг. обратился к изучению русских надгробий, рассматривая их как художественные произведения (в т. ч. и московские памятники). Несмотря на то, что его труды не появились в печати, их следует отметить как особое направление в изучении московского некрополя.