Однако в Риме о ней помнили и сочли, что в Польше представился удобный случай восстановить ее. Не только для того, чтобы залучить под власть «святого престола» украинцев, белорусов, литовцев, но и создать юридический прецедент для дальнейшей католической экспансии – на Россию, Балканы, Ближний Восток. Для иезуитов были разработаны особые инструкции, как обрабатывать православное духовенство. Им удалось перекупить Луцкого епископа, от его имени развернулась кампания по подчинению Риму. И в 1596 г. по указу Сигизмунда в Бресте был созван церковный собор. Сразу же он разделился на две партии, они заседали отдельно и вынесли противоположные решения. Одна, во главе с Киевским митрополитом Рагозой, постановила принять унию и прокляла ее противников. Другая постановила лишить сана Рагозу и просила короля не чинить насилия в делах веры.
Да уж куда там! Конечно, Сигизмунд поддержал первую партию. Начались захваты имущества Православной Церкви, погромы униатами и католиками храмов и монастырей. Доходило до того, что луцкий староста Симашко в Страстную субботу и Св. Воскресенье устроил в православном храме танцы, приказывал солдатам стрелять в иконы, а упорствующим православным выкалывал глаза… И в 1596 г. казаки вновь восстали. Возглавил их Наливайко. Он был из мелкой украинской шляхты, участвовал в подавлении восстания Косинского. Но в то самое время, когда он сражался за короля, магнат Конецпольский убил его отца. И Наливайко ушел к запорожцам. Отличился в войне с турками и был избран гетманом.
Лозунгом повстанцев стала защита православия, причем казакам покровительствовал князь Острожский. Наливайко базировался в его владениях, совершая набеги на униатов. Но и этот мятеж подавили. Наливайко и его полковников Лободу и Мазепу взяли в плен и подвергли в Варшаве особо изощренной казни, изжарили в медном быке. А против казаков вводились дополнительные меры. Шляхте Киевского, Брацлавского и Волынского воеводств был поручен надзор за казаками, приказывалось арестовывать всех подозрительных, разгонять любые группы, хотя бы и по 5–6 человек, прекратить всякие сношения Украины и Запорожья. Но выступления против унии не прекращались, были бунты в Добровнице, Остре, Брацлаве, Корсуни. Сейм издал постановление «О своеволии Украины», предписывая «беспощадные кары» за любые «эксцессы». И Сигизмунд решил покончить с казачеством. Издал указ об уменьшении реестра до 1 тыс. человек. Планировалось направить войска и разорить Сечь. Но неумная политика короля перессорила Польшу со всеми соседями – Турцией, Швецией, Крымом, Россией, вызвала оппозицию знати. И проект уничтожения Сечи остался не реализованным.