А поскольку сохранилась грамота об участии в походе яицких казаков, то как раз с 1591 г. принято считать старшинство Уральского Войска. Но в данном случае дата тоже условна, хотя по другим причинам, чем с Донским или Оренбургским Войсками. Казачья община на Яике в это время на службу России еще не перешла. Рейд на Дагестан стал разовым мероприятием – сулил хорошую добычу, жалованье, вот и сходили. А дальше яицкие казаки продолжали жить сами по себе, изрядную долю среди них составляли «воровские», и о контактах с правительством они знать не желали. Вместо этого предпочитали выйти на Каспий или на Волгу и грабануть персидских купцов.
При Федоре Иоанновиче были достигнуты новые успехи в освоении Сибири. Воевода Горчаков с казаками разгромил давно досаждавшее России Пелымское княжество. Росли новые города – Березов, Верхотурье, Обдорск, Кетский острог, Сургут, Тара. Годунов обратил внимание и на Мангазею. Поморы тут действовали сами по себе, торговали с местными и даже «дань с них имали воровством на себя». Царь взял этот город под контроль, направив своих воевод. А Кучума еще долго не могли одолеть. Он оставался вассалом Бухары, получая от нее помощь. Но Бухара воевала и с Казахским ханством. И вместе с Кучумом стеснила казахов с двух сторон, их хан Тевеккель обратился за подмогой в Москву.
Начались переговоры о том, что Тевеккель примет подданство царю, а за это получит «много рати с огненным боем». И хан соглашался, но погиб в бою, а затем ситуация изменилась. В Бухаре был убит заговорщиками свирепый хан Абдулмумин, началась гражданская война… От Бухары отделилась Хива, казахи захватили Ташкент. И Кучум лишился главной поддержки. Стал терпеть поражения. От него отпали ногайцы, башкирские и татарские мурзы переходили под власть русских. В 1598 г. против Кучума выступил воевода Воейков с отрядом из 400 бойцов, в который входили и ермаковцы под командой Черкаса Александрова. Войско Кучума обнаружили на Черных водах. Скрытно приблизившись, отряд на рассвете 20 августа атаковал хана и разгромил наголову. После этого Кучум скитался по степям с горсткой людей и погиб в стычке с ногайцами.
Ну а Яицкое казачество к концу XVI в. значительно выросло – за счет притока беглых, перехода «воровских казаков» с Волги, которую все сильнее брали под контроль царские воеводы. Да и за счет естественного прироста. Но Яицкое Войско само подорвало свои силы. Решило воспользоваться раздорами в Средней Азии и предприняло два похода на Хиву. В 1600 г. отправился Нечай Шацкий с тысячей казаков. Сумел достичь Хивы, захватить и пограбить ее – поскольку хан с войском отсутствовал. Но на обратном пути ханская конница настигла казаков у Амударьи и почти всех перебила. В 1605 г. на Хиву отправился атаман