С 1905 по 1909 г. русский император, очевидно, стоял перед дилеммой, должен ли начальник Генерального штаба быть лицом, независимым от военного министра, как это было в Германии и Австро-Венгрии, или должен был подчиняться ему, как, например, во Франции. Затем партия, выступавшая за то, чтобы власть была сосредоточена в руках военного министра, одержала верх, и начиная с 1909 г. военный министр стал единственным должностным лицом, которое отвечает перед императором за все военные вопросы.
В подчинении военного министра находились различные управления и отделы. Главное управление Генерального штаба включало в себя отдел генерал-квартирмейстера, который соответствовал военно-оперативному управлению в нашей стране. Сюда же входили и другие структуры, в ведении которых находились вопросы военной связи, топографии, организации и обучения, а также мобилизации.
Личный состав главного штаба выполнял ту же работу, что в нашей стране возложена на структуры генерал-адъютанта и на пенсионное управление. Интендантство отвечало за тыловое обеспечение, транспорт и выплату жалованья. Артиллерийское управление занималось вопросами оснащения и подготовки личного состава артиллерии. На военно-техническое управление возлагались вопросы, связанные с деятельностью технических родов войск.
В мирное время территория империи была поделена на 12 военных округов, каждым из которых руководил командующий: Петроградский, Вильненский, Варшавский, Киевский, Одесский, Московский, Казанский, Кавказский, Туркестанский, Омский, Иркутский и Приамурский.
Всего в армии было 37 армейских корпусов: гвардейский, гренадерский, I–XXV линейные, I–III Кавказские, I и II Туркестанские, а также I–V Сибирские.
Количество пехотных дивизий достигало 70: три гвардейские, четыре гренадерские, 52 линейные и 11 сибирских стрелковых.
Помимо этого, в армии было 18 стрелковых бригад: одна гвардейская, пять европейских, четыре финских, две кавказские и шесть туркестанских.
Сюда следует добавить 24 кавалерийских и казачьих дивизии, а также 11 отдельных кавалерийских и казачьих бригад.
Обычно в составе армейского корпуса было две пехотные дивизии, один дивизион (в составе шести батарей) легких гаубиц с гаубичным парком и саперный батальон (три саперные роты и две роты телеграфистов).