Если перейти от среднестатистических данных к исследованию деятельности отдельных предприятий, то окажется, что инновационная активность компаний находится на достаточно высоком уровне. Однако многие инновации представляют собой небольшие усовершенствования для выживания предприятий, но не для их развития. Большинство компаний тратят средства на усовершенствование существующего продукта (43 %) либо усовершенствование существующего процесса (32 %) [Национальный доклад, 2006]. Стратегические инноваторы составляют среди инновационных российских компаний около 9 %,тогда как в странах ЕС – около 22 % [Arundel, 2005]. Поэтому важен не сам факт проведения мероприятий, которые можно отнести к инновационной деятельности, а уровень затрат на них и в первую очередь затраты на НИОКР. Затраты компаний на НИОКР не превышают 8 % общих расходов на технологические инновации, тогда как для европейских стран этот показатель составляет в среднем 20 %. Затраты фирм на приобретение патентов и лицензий составляют менее 2 % [Кузнецов, 2006].
Можно выделить несколько причин низкой инновационной активности в экономике.
1. Российская экономика является в высокой степени монополизированной. Недавние исследования показали, что монополисты, т. е. те, кто занимают более 50 % национального рынка своего основного продукта, составляют около 20 % всех российских компаний. При этом речь идет о доминировании на очень узких, специфических рынках, возможно, даже «нишевых» [Кузнецов, 2006]. При этом существует негативная связь между инновационной активностью и монополистическим положением фирмы. В монопольной отрасли при отсутствии конкуренции извне спрос на инновации должен быть низким. Таким образом, пассивность в инновациях связана со слабостью внешних и внутренних стимулов, а именно с недостаточным уровнем конкуренции. Исследования показывают, что на тех предприятиях, которые экспортируют свою продукцию либо которые выпускают импортозамещающую продукцию, уровень инновационной активности значительно выше.
2. Структура российской экономики по-прежнему остается непропорциональной, в ней доминируют отрасли, осуществляющие экспорт сырья. Эти отрасли менее склонны к инновационным процессам, несмотря на то, что передовые нефтегазовые и сырьевые компании способствуют развитию как собственных НИОКР, так и их аутсорсинга. Именно эти корпорации (ОАО НК «Лукойл», ОАО «Газпром», ОАО «Сургутнефтегаз», ОАО «Норильский никель») являются российскими лидерами по объему затрат на НИОКР, формируют корпоративные лаборатории и собственные научные комплексы. Тем не менее сохраняющаяся зависимость российской экономики от сырьевых, и прежде всего энергетических, ресурсов не стимулирует корпорации добывающих отраслей к инновационной деятельности.