Для Ульяновых начались томительные дни ожидания и страха. Они знали и Каракозова, и Ишутина, но при допросах тот и другой Илью Николаевича не упомянули. А вот его ученик по Дворянскому институту Н. П. Странден в ходе следствия показал, что с Ульяновым был знаком. В деле фигурировало и рекомендательное письмо Ильи Николаевича, данное им другому подследственному с целью облегчить подателю поступление в Московский университет.
На запрос следственной комиссии по поводу преподавателей пензенского Дворянского института и гимназии, обучавших будущих заговорщиков, жандармы ответили, что наиболее «вредным» и «опасным» человеком, оказавшим пагубное влияние на воспитанников, является учитель словесности В. Н. Захаров, у которого учились, а одно время квартировали Каракозов и Ишутин. Ульянов упомянут не был, хотя и он недолго снимал квартиру у Захарова и именно от него принял воскресную школу.
Так или иначе, но на допрос Илью Николаевича не вызывали, и все вроде бы обошлось…
«Спасителю государя» Комиссарову даровали дворянство, возможность задаром пить водку в кабаках, а Каракозов 3 сентября 1866 года был повешен. Ишутина здесь же у виселицы «помиловали» и заменили веревку бессрочной каторгой в Сибири, где он сошел с ума и в 1879 году умер. Ав 1892 году, в состоянии запоя, повесился Комиссаров.
Среди многочисленных арестованных, прямо или косвенно причастных к этому делу, было немало столичных знаменитостей, таких, как издатель «Русского слова» Г. Благосветлов, поэты В. Курочкин и Д. Минаев, критик В. Зайцев… И скромный, ранее ничем не скомпрометировавший себя нижегородский учитель математики и физики, видимо, выпал из поля зрения «недреманного ока» Третьего отделения.
А жизнь продолжала идти своим чередом. По-прежнему каждое утро Илья Николаевич уходил в гимназию, возвращался поздно. На гимназическом чердаке он устроил обсерваторию и установил телескоп. Отсюда ученики его всматривались в вечернее звездное небо. Для кабинета физики купили действующую модель паровоза, дабы убедились дети, что нет в «чугунке» нечистой силы.
Росли и свои дети – Анна и Александр, родившийся за четыре дня до выстрела Каракозова. В июле 1867 года Илья Николаевич получил новый чин – коллежского советника, по табели о рангах – никак не ниже майора. И все-таки работа в гимназии, особенно после опыта воскресной школы, полного удовлетворения не приносила. Он мечтал о ниве подлинно народного просвещения. Поэтому, когда его астраханский учитель словесности, а теперь инспектор Казанского учебного округа Александр Васильевич Тимофеев написал, что в Симбирске открылась вакансия инспектора губернских народных училищ, Илья Николаевич сразу дал согласие.