Оберст Йодль с энтузиазмом приступил к выполнению своих новых обязанностей и подверг резкой критике армейских генералов (таких, как Людвиг Бек), которые после речи Гитлера 10 августа заявили, что Германия к войне еще не готова. Йодль, в своем дневнике, назвал поведение генералов «малодушным». Еще добавил, что им стоило бы обращать больше внимания на вопросы военной стратегии, а не обсуждать политические решения. Далее он отметил, что видит настоящую трагедию в том, что, когда вся нация сплотилась в поддержку фюрера, исключение составили только армейские генералы. Он сурово осуждал генералов за то, что они не признавали Гитлера «гениальным»[13]. Несомненно, преданность и вера Йодля в Гитлера не знали границ, он искренне считал фюрера непогрешимым.
Хотя Йодль полагал, что для разработки военных планов Гитлер будет использовать оперативный отдел ОКВ, фюрер вместо этого обратился к ОКХ (Oberkommando des Heers – Главному командованию армии). Тем временем в 1939 году Йодль получил звание генерал-майора и командование 44-й пехотной дивизией. Страстный альпинист, он обрадовался, когда в начале октября 1938 года генерал Кейтель (шеф ОКВ) назначил его командующим 2-й горнострелковой дивизией[14].
23 августа 1939 года Кейтель приказал Йодлю вернуться в ОКВ на должность начальника оперативного отдела; начиналось планирование нападения на Польшу («план Вейс»). На этом посту Йодль остался до конца войны. В 1940 году он получил повышение и стал генералом артиллерии, а 30 января 1944 года (в день 11-й годовщины прихода нацистов к власти) Йодль получил чин генерал-оберста, перепрыгнув при этом звание генерал-лейтенанта. Грандиозное впечатление произвела на Йодля его первая личная беседа с Гитлером, состоявшаяся в поезде фюрера во время Польской кампании. Он остался верен Гитлеру до конца войны.
Ввиду того, что для разработки и проведения кампаний против Польши (1939) и Франции (1940) Гитлер обратился к ОКХ, Йодль принял решение поддерживать Гитлера во всех вопросах, в которых у того появлялись разногласия с ОКХ. По сообщению его представителя Вальтера Варлимонта, в мае 1940 года именно благодаря Йодлю 1-я горнострелковая дивизия, без согласия со стороны ОКХ, была направлена на юг (во исполнение приказа Гитлера). Это прямое нарушение принципа единоначалия является ярким доказательством как безоговорочной преданности Йодля фюреру, так и его отчаянного желания (разделяемого с ним его начальником Кейтелем) передать всю полноту власти ОКВ.