Последовательными сторонниками выделения расколоведения в самостоятельное научно-педагогическое направление являлись святитель митрополит Московский Филарет (Дроздов), митрополит Санкт-Петербургский Григорий (Постников), митрополит Московский Макарий (Булгаков) и профессор-протоиерей Александр Васильевич Горский[2].
Результатом дальнейшего реформирования системы богословского образования Православной Российской Церкви стало принятие в 1869 г. нового Академического Устава, предполагавшего обязательное изучение «Истории и обличения русского раскола и сектантства» на церковно-исторических отделениях духовных академий. В это время учебная программа расколоведения включала обширный цикл лекций, позволявший будущим священнослужителям не только подробно изучить историческое развитие старообрядчества, но и получить подготовку к последующему ведению полемических дискуссий с представителями раскола. Реформа 1869 г. способствовала быстрому становлению расколоведения как самостоятельной отрасли церковно-исторического знания. Несмотря на это, по прошествии всего лишь полутора десятилетий произошло принятие нового Академического Устава (1884), отменившего распределение учебных дисциплин по специализациям. В итоге проведенной реформы дисциплина «История и обличение русского раскола и сектантства» перешла в категорию необязательных (избираемых по желанию студентов), получив наименование «История и обличение старообрядчества и сектантства». Наметившийся в это же время стремительный рост старообрядческого раскола побудил Святейший Правительствующий Синод уже в 1888 г. издать распоряжение о восстановлении кафедр расколоведения в двенадцати духовных семинариях, а в 1891 г. возродить кафедры «Истории и обличения раскола и сектантства» во всех духовных семинариях Православной Российской Церкви. С этого времени будущие пастыри Церкви изучали расколоведение в пятом и шестом классах семинарии[3].
Коренные изменения, внесенные реформой 1884 г., не могли не оказать своего негативного воздействия на общее состояние русской церковной науки и духовного образования. Определением Святейшего Правительствующего Синода от 4 января 1897 г. дисциплина «Обличение русского раскола» переводилась в категорию обязательной для изучения в Московской духовной академии