Так почему же в официальном портрете правительницы долгое время не было ни одной позитивной черты? Вот как на этот вопрос отвечает Ф. Гримберг: «Романовская концепция оценивает ее скорее негативно: прежде всего, как противницу Петра, как “защитницу старого уклада”. Но, применительно к Романовым, употребление понятия “старый, стародавний уклад” просто смешно. Романовы молоды и, как мы уже сказали, готовы на все. Надобно – они всячески перечеркивают свое – “седьмая вода на киселе” – родство с Рюриковичами. Надобно – сжигают разрядные книги. Даже самый поверхностный взгляд на деятельность Софьи показывает ее вовсе не защитницей какого бы то ни было “стародавнего уклада”, но определенного рода “реформатором-постепенновцем”».
На самом деле, по мнению этого же историка, «негативная оценка Софьи связана прежде всего с борьбой двух романовских ветвей. Романовы-Нарышкины мыслили «государственно» – в исторических сочинениях Романовы-Милославские должны были выглядеть и выглядели неумными, жалкими, или, как Софья, «действующими неправильно». Поэтому в исторических сочинениях время ее правления, как правило, называлось «темным периодом» перед блестящей эпохой Петра. Но многочисленные факты свидетельствуют об обратном. По мнению В. Сергеева, «несмотря на свой жесткий мужской характер, Софья правила с женской мягкостью и осмотрительностью» и ни в чем не уступала своему великому брату. В мемуарах ее современника, князя Б. Куракина, ставшего впоследствии сподвижником Петра I и часто критиковавшего его сестру, можно найти такие строки: «Правление царевны Софьи Алексеевны началось со всякою прилежностью и правосудием всем и ко удовольствию народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было». А вот еще одно свидетельство, оставленное недоброжелателем Софьи, посланником французского двора де Невиллем в его «Записках о России»: «Насколько ее стан широк, короток и груб, настолько ум тонок, остер и политичен». Подобные суждения высказывались многими современниками правительницы, независимо от их политических склонностей.
В чем же заключалась государственная мудрость Софьи? Сошлемся на факты, приведенные В. Сергеевым: «Царевна усилила борьбу со взятками и произволом чиновников, а также с доносительством, ставшим в России настоящим бичом. Она запретила принимать анонимные доносы, а кляузников, заполнявших судебные присутствия, велела бить плетьми. Не была она и поклонницей старины, защитницей “узорного терема”, как писала ее поклонница Марина Цветаева. Продолжая политику отца, Софья приглашала в Россию иностранных специалистов. Развивалась и отечественная система образования – в 1687 году была открыта задуманная учителем царевны Симеоном Полоцким Славяно-греко-латинская академия. Есть сведения, что царевна даже думала открыть школу для девочек». Видимо, поэтому выдающийся историк XIX века В. О. Ключевский ставил в заслугу Софье то, что она «вышла из терема и отворила двери этого терема для всех желающих».