А развивались они, как мы уже знаем, весьма бурно и стремительно. Расправившись с Нарышкиными-Матвеевыми, Хованские поставили вопрос о созыве очередного феодально-церковного представительства страны – Земского собора. Хотя Софья и не спешила со свадьбой, они хорошо понимали, что ждать и бездействовать нельзя. Но именно в преддверии Собора ими была допущена ошибка, стоившая жизни многим участникам «Хованщины». Она состояла в том, что перед его проведением Хованские заручились поддержкой антиромановски настроенных церковников-раскольников. Но поскольку таковые в составе Собора были в меньшинстве, большая часть церковников не поддержала Хованских и он не состоялся. А для них самих эта политическая интрига закончилась трагически: отец и сын Хованские были казнены.
Правление Софьи по закону было временным, и чем ближе становились даты совершеннолетия ее подопечных, тем сложнее ей было найти рычаги для удержания власти в своих руках. Вот что пишет по этому поводу Ф. Гримберг: «Трудно понять, на что рассчитывала Софья в дальнейшем, кому намеревалась передать престол. Брат ее Иван, кажется, не отличался особенной политической активностью, с ним Софья, вероятно, могла бы договориться. Важным ее противником был юный Петр. Намеревалась ли она убить Петра?» По всей вероятности, да. По крайней мере, о намерении правительницы расправиться со сводным братом пишет в своем описании стрелецких выступлений Андрей Артамонович Матвеев.
Доподлинно известно, что в отчаянной попытке укрепить свои позиции Софья летом 1689 года велела стрелецким полкам захватить Преображенское, где находился Петр со своей семьей и матерью, и перебить всех его сторонников. В сумятице очередного кровопролития легко мог погибнуть и он сам. Но за день до стрелецкого бунта в лагерь Петра переметнулись двое стрельцов, которые и донесли ему о планах царственной сестрицы. Тот успел укрыться в Троице-Сергиевом монастыре, а уже на следующий день туда прибыл собранный им Преображенский полк. Это вызвало тревогу в лагере Софьи. Правительница даже предприняла несколько попыток к примирению с братом, но все они окончилось неудачей. Между тем, военные силы, на которые она рассчитывала опереться, с каждым днем таяли. Солдатские и стрелецкие полки, возглавляемые окольничим Федором Шакловитым, удержать в повиновении не удалось. Они не рискнули вступить в бой с солдатами Петра.