Но и без того загадок в деле несчастного царевича предостаточно. На одну из них через месяц после его смерти намекает сам Петр, который в письме из Ревеля писал Екатерине, «что покойник нечто открыл (расскажу), когда бог изволит вас видеть; я здесь услышал такую диковинку про него, что чуть не пуще всего, что явно явилось». На основе этого загадочного высказывания Петра Н. И. Павленко делает следующее предположение: «Не подразумевались ли под “диковинкой” полученные царем сведения о том, что Алексей предпринимал шаги к тому, чтобы из Неаполя бежать в Швецию и добывать престол при помощи войск Карла XII? Догадка на этот счет подтверждается донесением барона Герца, руководителя шведской делегации на Аландском конгрессе, в котором он сетовал на то, что с отдачей Алексея в руки Толстого и Румянцева упущена возможность получить выгодные условия мира».
Не выясненными остаются и многие вопросы, связанные с доносом на царевича его возлюбленной Ефросиньи. Что заставило ее свидетельствовать против него: страх за свою жизнь или другие мотивы? Неясно и происхождение этой женщины: есть сведения, что крепостная Вяземского была финкой. Неизвестна дальнейшая судьба как самой Ефросиньи, так и рожденного ею от Алексея ребенка: родился ли он мертвым, умер ли после рождения или… был при рождении убит?
Несомненным является только то, что смерть Алексея не разрешила волновавшего Петра вопроса о своем преемнике. Дело в том, что его сын от Екатерины, объявленный им наследником, умер вслед за Алексеем в 1719 году в четырехлетнем возрасте. А поскольку, по словам современников, «царица вследствие полноты вряд ли в состоянии будет родить другого царевича», проблема престолонаследия вновь встала перед российским монархом с особой остротой…
По преданию, во время отпевания в Троицком соборе малолетнего царевича Петра Петровича среди гробовой тишины вдруг кто-то крикнул царю: «Петр, твоя свеча погасла!» Действительно, мужская линия Романовых была близка к пресечению. В живых оставался только сын царевича Алексея – малолетний Петр Алексеевич. Однако царь не мог, да и не желал допустить его восшествия на престол. Он не питал особой любви к внуку, считая, что характером и способностями он может пойти в своего отца. Петр не желал признавать в нем свое «семя», опасаясь предательства – по принципу «яблоко от яблони»… В этой ситуации необходимо было найти новое, нетривиальное решение династической проблемы.