Елизавета была рано созревшей юницей, как с точки зрения умственного, так и физического развития. Судя по ее портрету в возрасте 13 лет, она вполне выглядела на 15—16-летнюю девушку, брачный возраст аристократки. Принцесса, равным образом, в письменной форме отказала Сеймуру, мудро заметив, что слишком молода для вступления в брак и собирается в течение двух лет соблюдать траур по отцу. Ее ответ завершался следующими словами:
«Когда дело дойдет до сего [замужества], я поступлю так, как Господь вразумит меня».
Тогда Томас, не теряя времени даром, сделал предложение Катарине Парр, оставшейся после смерти венценосного супруга одной из богатейших женщин Англии. Та сначала также потребовала выдержать двухлетний срок траура, но, похоже, не нашла в себе сил устоять перед страстными мольбами любимого человека. К тому же Катарину снедала обида, что ее не сделали регентом при малолетнем принце, и этот афронт, безусловно, также сыграл свою роль. Любовники обвенчались в конце мая 1547 года, а король Эдуард был вынужден дать свое официальное согласие уже вдогонку, 25 июня, будучи поставлен перед свершившимся фактом. Столь скороспелый брак вызвал неудовольствие многих, в частности, принцессы Марии и жены Эдуарда Сеймура, герцогини Анны. Та не скрывала своей ненависти к Катарине и демонстративно щеголяла в королевских драгоценностях, которые по праву должны были отойти вдове. Помимо этого, она в открытую начала настраивать придворных против Катарины. Заключив брак, супружеская чета поселилась в особняке вдовствующей королевы в Челси, прихватив с собой никому не нужную Елизавету.
Об отношениях между Томасом Сеймуром и Елизаветой можно судить лишь по показаниям окружения принцессы в ходе следствия по делу Сеймура. Муж Катарины держался с подопечной жены весьма фамильярно, часто утром заявлялся в ее спальню, когда она еще не была должным образом одета, а иногда вообще еще лежала в постели. Тогда он раздвигал занавеси на окнах и желал ей доброго утра. Томас не упускал случая по-дружески похлопать ее по спине или по ягодицам, затем пройти в комнату фрейлин и позубоскальничать с ними. Пару раз вместе с ним в спальню Елизаветы заходила Катарина, и они оба развлекались, щекоча девочку, когда та еще не поднялась с постели. Со временем Сеймур завел обыкновение навещать девушку по утрам, будучи облаченным в короткую ночную рубашку и шлепанцы.