Согласно духовному завещанию, составленному Николаем Борисовичем 25 января 1831 года, все состояние переходило его сыну Борису с условием «чтоб управление имением было под руководством и с советом супруги моей, а его матери княгини Татьяны Васильевны Юсуповой», единовременное вознаграждение получали его побочные дети-воспитанники: Алексей, Сергей и Мария Гирейские, Елизавета фон Вахтен, Мария Ришар. Не были забыты и крепостные, камердинер князя Григорий Бредихин с семьей получал вольную и 500 рублей; каждому из музыкантов по 500 рублей, а «канцелярским служителям, архитектурным помощникам, живописцам…мастеровым и вообще всем дворовым людям в Московских домах служащим выдать не в зачет годовое жалование». Погребение свое князь просил сделать «самое скромное без всякого излишества» и «на месте, где погребено будет тело мое, построить часовню».
Московское общество в полной мере осознавало огромную ценность художественных коллекций, собранных Н. Б. Юсуповым. В день смерти князя, 15 июля 1831 года, по распоряжению московского гражданского губернатора Н. А. Небольсина в Архангельском был опечатан дворец и все здания, «чтоб ничто вывозимо не было».
Кончина и похороны Н. Б. Юсупова подробно освещались в «Московских ведомостях». Отпевание усопшего состоялось 17 июля в церкви Трех святителей близ Красных ворот при большом стечении народа. Многолюдная процессия провожала «тело всеми любимого и уважаемого вельможи» до Бутырской заставы, где «внезапно поразило всех трогательное зрелище: собравшиеся там во множестве разных подведомственных Князю волостей казенные крестьяне и его собственные: с пламенным усердием, возложив на рамена свои гроб, вмещавший прах его, в безмолвии, с глубочайшим благоговением, как нечто священное, понесли в принадлежавшее Князю подмосковное село Спасское».
Гроб с телом Юсупова был перенесен в Спасское и поставлен в церкви. Погребение состоялось 27 июля, когда в Москву приехал из Петербурга сын князя Борис Николаевич. На погребении присутствовало более 70 человек, родственники, друзья, те, кому покровительствовал Николай Борисович. Во исполнение воли усопшего над его могилой по проекту В. Г. Дрегалова была возведена квадратная в плане часовня под куполом, пристроенная к алтарю северного придела Владимирской божьей матери церкви Спаса Нерукотворного (эта часовня под куполом сохранилась, и мы ее видели и наблюдали в наши приезды в Спасское.).