После отъезда за границу из-за своего неожиданного исчезновения был исключён из партии по обвинению в дезертирстве…
С подачи Малиновского охранка арестовывала Николая Бухарина (1910), Серго Орджоникидзе (1912), Якова Свердлова (1913) и Иосифа Сталина (1913)… (То есть арест руководителей Русского бюро большевистского ЦК, и разгром этой организации, произошёл по наводке председателя думской фракции большевиков, который был штатным агентом охранки. – Авт.)
С началом Первой мировой войны вступил в русскую армию, был ранен и попал в плен.
В газете «Единство» № 1 от 29 марта 1917 года Малиновскому было предъявлено обвинение в том, что он, будучи предателем по сути, после попадания в плен «…быстро устроился на том же знакомом ему поприще. После предательства товарищей он стал предавать родину. Германское правительство приняло Малиновского на службу и поручило ему германофильскую и пораженческую пропаганду в лагерях для военнопленных. Солдат 4-го Каковского полка В. Виноградов, возвратившийся инвалидом из германского плена, свидетельствует, что видел Малиновского в лагере „Альтер Грабов“ и что Малиновский пользуется большим почетом среди немецких офицеров»…
Чрезвычайная следственная комиссия Временного правительства раскрыла его тесное сотрудничество с царской охранкой. После освобождения из плена в 1918 году вернулся в Россию, чтобы оправдаться от обвинений в провокаторстве. Осуждён и расстрелян по приговору Верховного трибунала ВЦИК от 5 ноября 1918 года в Москве. Как писал о том Виктор Серж: «Несмотря на разоблачение, бывший лидер большевистской фракции в Думе приехал в 1918 году из Германии в Россию и явился в Смольный, прося арестовать его… Козловский допросил Малиновского. Тот утверждал, что не может жить вне революции. «Я сам себе противоречу, раздваиваюсь и согласен, чтобы меня расстреляли!» Так же он держался и перед революционным трибуналом. Обвинительная речь Крыленко была беспощадной («Авантюрист разыгрывает свою последнюю карту!»), и Малиновский был расстрелян в садах Кремля».
Это добавляет некоторый колорит к общей картине.
Прошлёпав в своих рядах провокатора, большевики, как всегда, сумели сделать хорошую мину при плохой игре. По словам Бадаева: «…Деятельность Малиновского имела и обратную, вредную для царского правительства сторону. В двойственной игре, которую вёл Малиновский, вторая его роль – как члена большевистской фракции – заставляла Малиновского выступать с думской трибуны с революционными речами, вести соответствующую агитацию и т. д. В тот период в каждый данный момент эта деятельность давала нужный для нас результат. Волей-неволей царское правительство лило воду на мельницу революции».