а) истребительной на самолетах Як-1 и ЛаГГ-3;
б) штурмовой на Ил-2;
в) легкобомбардировочной на У-2.
Каждая эскадрилья содержалась по штату неотдельной эскадрильи десятисамолетного состава. Подчинялась непосредственно командиру той дивизии, в которой была оформлена решением командования воздушной армии. Как и в штрафбате, руководящий состав штрафной эскадрильи подбирался из нештрафников. Он включал пять человек: командира и военного комиссара эскадрильи, заместителя командира, адъютанта старшего (начальник штаба) и старшего техника. Весь остальной командный, рядовой летный и технический состав укомплектовывался за счет штрафников. Положение предусматривало единственное исключение: при неукомплектованности штрафной легкобомбардировочной эскадрильи стрелками-бомбардирами командиру дивизии разрешалось замещать эти должности нештрафниками. На командование эскадрилий и дивизий возлагалась обязанность тщательно учитывать всю боевую работу штрафников и только на основании этих учетных данных возбуждать ходатайство о переводе их в строевые части.
Положение не разрешало представлять штрафников к государственным (тогда писали «правительственным») наградам, лишало их полагавшегося другим летчикам денежного вознаграждения за боевые успехи в порядке приказов НКО СССР № 0299, 0489 и 0490, а также процентной надбавки за выслугу лет. Пребывание в штрафной эскадрилье не засчитывалось в срок, определяющий присвоение очередного воинского звания. Штрафники, независимо от должности, которую занимали в строевой части, удовлетворялись денежным содержанием по должности, которую им определили в штрафной эскадрилье, с процентной надбавкой за пребывание на фронте. При этом не предусматривались дополнительные дисциплинарные полномочия для постоянного командного состава, а также льготное исчисление выслуги лет. Это было прерогативой наркома обороны.
В годы Великой Отечественной войны строго наказывались и те, кто допускал серьезные недостатки в организации питания, материально-технического обеспечения и бытового обслуживания красноармейцев и командиров.
В штрафные части направлялись и лица, допускавшие беспечность и бесконтрольность, в результате чего в тылу гибли военнослужащие, а также военнообязанные и военнослужащие, симулирующие болезнь, и так называемые «членовредители».