Стебли у пионов прямостоячие, иногда ветвистые, могут иметь цилиндрическую или ребристую форму на поперечном разрезе. Окраска стеблей и черешков листьев зеленая или красноватых тонов.
У травянистых пионов в отличие от кустарниковых осенью надземные побеги полностью отмирают, и растение сохраняется в виде корневища – подземного многолетнего сильноветвящегося побега с остатками отмерших стеблей, почками и придаточными корнями. Из почек весной следующего года вырастают новые побеги. Подземную часть обычно называют корневищем, а собственно корневище – корневой шейкой.

Подземное корневище у травянистых пионов вертикально нарастающее. На этом корневище расположены многочисленные почки возобновления. Из них весной отрастают новые стебли, достигающие высоты полутора метров. Надземная часть стеблей осенью отмирает, а подземные части стеблей становятся многолетними побегами – корневищами с почками возобновления. Для полноценного питания пиону необходимы придаточные корни. Они и образуются на молодых корневищах, разрастаясь в утолщенные корневые образования – корнешишки. Именно придаточные корни запасают впрок питательные элементы, а на их концах появляются втягивающие корни. Здесь же образуются длинные шнуровидные корни, снабженные корневыми волосками, которые обеспечивают растение водой.
Основной запас питательных веществ растения откладывается в придаточных корнях. Почки возобновления закладываются у большинства пионов на собственно корневище, части которого при вегетативном размножении используются в качестве посадочного материала – деленок. Некоторые сорта пиона лекарственного и его гибридов способны закладывать почки возобновления и на придаточных корнях.
Современные систематики считают пион одним из древнейших представителей цветковых или покрытосеменных растений. Несовершенство аппарата размножения и длительный цикл формирования взрослого растения (пять-семь лет) делают пион особо уязвимым при неблагоприятных условиях, возникающих в результате хозяйственней деятельности человека.
Все виды пиона принадлежат к высокодекоративным растениям, многие используются в народной медицине или служат источниками сырья для изготовления промышленных лекарственных средств. Некоторые виды произрастают на очень ограниченной территории.