В начале декабря из Москвы прибыла артиллерия. Но огонь открывать Великий Князь не спешил. Ждал он не напрасно. В январе 1480 года из Новгорода вышел крестный ход, который возглавлял святитель Феофил. После окончания крестного хода началось следствие, которое показало, что предаться врагу готовы были около тысячи семейств и сам святитель Феофил. Владыку заточили в Московский Чудов монастырь, а изменников вывезли в Кострому, Дмитров, Нижний Новгород, Суздаль, Владимир и другие города. Следствие выявило изменников и из незнатных людей, а потому около семи тысяч семей было разослано в другие города, подальше от границы, где их поселили «на посадах», за городскими стенами. Одновременно в Новгород были переселены надёжные и верные бояре и работные люди из Москвы.
Весной 1480 года Великий Князь Московский получил известия о том, что хан Ахмат выступил на Москву. И тут Иван III принял неожиданное и дерзкое решение. Он приказал Звенигородскому воеводе князю Ноздреватову и татарскому хану Нордоулату, перешёдшему на сторону Москвы, посадив часть дружины на лодки, а часть на коней, разорить и сжечь Орду-город. Эта задача была выполнена с блеском и в короткие сроки. Одновременно Великий Князь Московский направил посольство в Крым, к хану Менгли-Гирею с предложением союза в войне с ханом Ахматом. Крымского хана он просил встать на пути войска короля Казимира. Менгли-Гирей выступил против польско-литовского короля.
С осени 1479 года шли непрерывные работы по укреплению дальних рубежей по линии Рязань – Коломна – Кашира – Серпухов – Алексин – Таруса – Калуга. Были вырыты глубокие рвы, насыпаны валы и сооружены надолбы. Коломну превратили в настоящую крепость, которую окружал ров глубиной в две сажени, на подступах к городу устроили ходы сообщения, а в лесах – завалы и засеки. Дружины и ополчения заняли оборонительные рубежи, готовясь к отражению врага.
Но разведка ордынцев установила расположение укреплённых рубежей, и хан Ахмат повернул от Дона на Мценск – Одоев – Дмитров, чтобы выйти на берег реки Угры, западного притока Оки и, переправившись там, двинуться на Москву с того направления, с которого его не ждали. Разгадав замысел хана, Иоанн III немедленно перебросил главные силы на угрожаемое направление. На берег Угры были переведены и работные люди, которые приступили к сооружению укреплений. Решено было готовить к обороне и Москву. Из посадов и самого города вывезли женщин, стариков, детей. Посады предполагалось, в случае необходимости, зажечь.