Источником терминологической путаницы в области понимания самоорганизации у представителей социально-гуманитарных наук, а также математических школ в области синергетики, по мнению А. П. Руденко, является абстрагирование от физической сущности процессов организации и самоорганизации. Вследствие этого самоорганизацией называют любые процессы упорядочения элементов системы, протекающие самопроизвольно.
Фактический материал современной химии позволяет выделить два типа объектов: с равновесной и неравновесной организацией. Объекты с равновесной организацией были предметом классической химии. Классическая химия абсолютизировала дискретные формы бытия химического вещества. Некоторые из этих форм имеют молекулярное строение, другие являются комплексными соединениями, сэндвичевыми соединениями и прочее, но все они стабильны во времени. Стабильность этих веществ не безусловная, а относительная. Условием их неизменности является постоянство температуры. Кристаллическая форма вещества также является объектом с равновесной организацией. Квантовая механика объясняет стабильность организации системы ядер и электронов. Равновесное упорядочение некоторой системы может быть получено экспериментально в ходе самопроизвольно протекающего процесса, стремящегося к равновесию и сопровождающегося выделением энергии.
Объекты с неравновесной организацией – это, например, элементарные открытые каталитические системы – предмет химии эволюционного катализа. Эти системы поддерживают свою организацию в стационарном состоянии за счет обмена веществ и энергии с окружающей средой.
А. П. Руденко предлагает термином «самоорганизация» обозначить неравновесное упорядочение, а термином «организация» упорядочение равновесного типа. Эти типы упорядочения имеют общие свойства, которые, как правило, ошибочно приписывают всем самоорганизующимся системам. Ошибок и терминологической путаницы можно избежать, если ясно понимать физические основы самоорганизации[20].
Самоорганизация как неравновесное упорядочение является всеобщим условием существования любых материальных систем. А. П. Руденко обобщил исследования процессов самоорганизации открытых химических систем. Исследование биологических систем в XX веке под термодинамическим углом зрения позволило понять, что они существуют, поддерживают организацию процессов, называемых жизнью, благодаря обмену веществ и энергии с окружающей средой. Карл Маркс в «Капитале» характеризует труд как «всеобщее условие обмена веществ между человеком и природой, вечное естественное условие человеческой жизни, и потому он не зависим от какой бы то ни было формы этой жизни, а, напротив, одинаково общ всем её общественным формам…»