В 1922 году батюшка был назначен благочинным Устюжен-ского округа, в это сложное время он проявил себя стойким борцом против обновленчества и антицерковной пропаганды. Возрастающий авторитет отца Михаила стал беспокоить местные власти, и они начали ему угрожать, различными репрессивными мерами принуждали снять сан священника. Не выдержав преследований, жена оставила батюшку, но сам он остался верен христианским обетам. Органами ОГПУ15 мая 1932 года он был арестован и осужден по статьям 58–10 и 58–11 «за контрреволюционную пропаганду». Решением выездной сессии коллегии ОГПУ от 14 сентября 1932 года отец Михаил был приговорен к заключению в концлагерь сроком на три года, но вскоре по просьбе верующих он возвратился к месту своего служения.
Все довоенные годы отца Михаила постоянно подстерегала угроза ареста. Поэтому прихожане, горячо любившие своего батюшку, прятали его в Устюжне в подвалах домов, в родной деревне Хотыль и даже в лесу. В 1941 году Покровская церковь была закрыта, а ее настоятель в очередной раз арестован. Отца Михаила отправили в Шексну, на лесосплав. Прихожане собирали передачи для любимого батюшки со всего города. На свидания к заключенным допускались только родственники. Ольга Алексеевна Девяткина, которой приходилось выдавать себя за сестру заключенного настоятеля (имела одинаковое отчество), ходила к нему в Шексну из Устюжны пешком, так как денег на проезд не было.
В лагере отец Михаил пользовался уважением не только среди верующих, но и среди атеистов. Во время церковных праздников он отказывался работать. Наказание (карцер) батюшка воспринимал с радостью, так как там он мог помолиться без помех. Тюремное начальство неоднократно пыталось его «убрать». Однажды, перед самым ледоходом его отправили с одного берега реки Шексны на другой с запиской. Отец Михаил, помолившись Господу и перекрестившись, выполнил приказ. На другом берегу удивились – как он смог пройти? «А помолился и прошел, как по мосту», – объяснил батюшка. Тогда ему приказали отправляться обратно. И вновь с молитвой отцу Михаилу удалось перейти реку. Как только он перешел, лед тронулся.
Шла страшная война, многие люди стали обращаться к Богу за помощью. В 1943 году советская власть разрешила вновь открыть некоторые ранее закрытые церкви. Неоднократно прихожане Покровской Устюженской общины предпринимали попытки добиться открытия своего храма, в котором отец Михаил прослужил более 20 лет. Однако Покровская церковь уже была переоборудована под кожевенную промартель, и все ее имущество «ликвидировано». Власти согласились вернуть Казанский храм, и богослужения в нём возобновились 28 сентября 1943 года. К этому времени отец Михаил вернулся из лагеря на родину. С первых же месяцев своего служения он стал призывать верующих вносить средства на нужды обороны. Для Красной Армии было собрано 24 107 рублей и для помощи детям фронтовиков 12 332 рубля.