, какое-то время исполняет обязанности дипломатического чиновника. В 1901 г. новый генерал-губернатор Н.А. Иванов назначает Наливкина помощником (заместителем) военного губернатора Ферганской области. Тогда же Наливкин получает чин действительного статского советника (чин 4 класса, который соответствовал военному чину генерал-майора)
[21]. В этой роли ему не раз приходится оставаться на должности исполняющего делами военного губернатора. В 1904 г. в результате конфликта с ферганским губернатором Г.А. Арендаренко Наливкин отзывается в Ташкент в распоряжение генерал-губернатора Н.Н. Тевяшова и работает в ряде комиссий
[22].
В 1890-е и в начале 1900-х гг. исследовательская работа В. П. Наливкина продолжается. Из-под его пера выходит целый ряд статей по исламу: «Очерк благотворительности у оседлых туземцев Туркестанского края», «Ислам и закон Моисея», «Что дает среднеазиатская мусульманская школа в общеобразовательном и воспитательном отношениях?», «Положение вакуфного дела в Туркестанском крае до и после его завоевания» и др[23]. Под его руководством публикуется коллективная статья «Краткий обзор современного состояния и деятельности мусульманского духовенства, разного рода духовных учреждений и учебных заведений туземного населения Самаркандской области с некоторыми указаниями на их историческое прошлое», которая представляла собой первое систематическое обозрение среднеазиатского ислама[24]. В 1898 г. издается «Руководство к практическому изучению сартовского языка», в 1900 г. – «Руководство к практическому изучению персидского языка»[25]. В 1905 г. Наливкин был избран членом правления Ташкентского отделения Императорского Общества востоковедения.
В 1906 г., при генерал-губернаторе Д.И. Субботиче, 54-летний Наливкин по собственному прошению снова уходит в отставку, читает какое-то время лекции по мусульманскому праву на разного рода курсах, ведет уроки сартовского языка, активно сотрудничает с газетой «Русский Туркестан», которая считалась легальным органом местных социал-демократов[26]. В 1907 г., будучи «популярнейшим человеком в крае»[27], он избирается от «нетуземной части» жителей Ташкента депутатом II Государственной Думы, в которой примыкает к социал-демократической фракции[28]. После роспуска Думы летом того же года Наливкин возвращается в Ташкент, где власть в наказание за резкие оппозиционные высказывания лишает его пенсии. Большой отрезок его дальнейшей жизни, с 1907 по 1917 г., изучен мало. Отторгнутый властью и элитой, Наливкин, видимо, стал более тесно общаться с разного рода социалистами и с туземной интеллигенцией