С другой стороны, посмертная память о самом Наливкине тоже сложилась неудачно. Будучи человеком прогрессивных взглядов, гуманистом и социалистом, Наливкин в последний этап своей жизни, когда он фактически возглавил администрацию Туркестана, вступил, не по своей инициативе, в острый конфликт с местными большевиками. Из-за этого за ним на долгие последующие годы закрепился ярлык «предателя» и «врага», а его имя если и не подвергалось цензуре, то не выпячивалось и не привлекало к себе позитивного, заинтересованного внимания. В результате уникальные исторические и этнографические работы Наливкина, которые, конечно, цитировались по дореволюционным публикациям, в советское время не переиздавались, не велась работа по сбору архивных материалов о его биографии и деятельности. Несколько заметок ташкентского собирателя истории Туркестана Б. Лунина не меняли общую погоду и не сделали Наливкина фигурой советского или общероссийского уровня, хотя по масштабу своей личности он вполне мог бы, при других политических обстоятельствах, на это претендовать.
После 1991 г. историографическая ситуация несколько изменилась. В Средней Азии имя Наливкина все чаще стало упоминаться в работах в благосклонном ключе, как пример дружбы и сотрудничества между русскими и местным населением. В Москве были изданы, правда очень малыми и недоступными тиражами, его труды «История Кокандского ханства» и «Туземцы раньше и теперь», в Омске были опубликованы воспоминания потомков Наливкина. Готовится к изданию перевод на английский язык основного этнографического труда, написанного совместно с супругой Марией Наливкиной, – «Очерки быта женщины оседлого туземного населения Ферганы». Означает ли это, что Наливкин по-настоящему вошел в российскую историю и культуру, что его имя заняло подобающее ему место? Увы, хотя некоторый рост интереса отрицать нельзя, было бы поспешным назвать возвращение этого имени состоявшимся. Возможно даже, что такое возвращение теперь уже невозможно и вовсе, при всей досаде и попытках переломить эту ситуацию со стороны отдельных ученых и общественных энтузиастов. Возможно, современная Россия вступила в период самоизоляции и самонационализации, где бывшее имперское прошлое во всей своей полноте является красивым, но бесполезным грузом, за исключением только громких военных побед.