Наливкин служил в крае с 1871 г. В конце 70-х гг. XIX столетия по распоряжению генерал-адъютанта К.П. фон Кауфмана в Туркестане была учреждена комиссия для подробного исследования песков Ферганской области и борьбы с ними. В ее состав включили Наливкина. В 1881 г. комиссия была упразднена, а продолжение ее работы было поручено Кауфманом Наливкину единолично. Поводом к избранию последнего для выполнения этой работы послужило личное знакомство бывшего главного начальника края со статьями Наливкина по сельскохозяйственным вопросам и ходатайство военного губернатора Ферганской области генерал-лейтенанта А.К. Абрамова.
Самостоятельные работы Наливкина по изучению ферганских песков продолжались более двух лет, причем он числился на службе по вольному найму, получая 100 руб. жалованья в месяц. Результатом трудов стал обширный отчет, научная и практическая ценность которого справедливо характеризуется следующей выдержкой из донесения генерала Абрамова генерал-губернатору М.Г. Черняеву: «До настоящего времени исследованием песков Ферганской области занимался отставной есаул артиллерии Наливкин… Человек этот очень больших способностей, прекрасно развитой, образованный, с большой энергией и вообще очень даровитый и талантливый. Занимаясь исследованием песков, он представил о своих работах отчет весьма замечательный, как по массе труда, положенного им в это дело, так и по строго добросовестному полному и всестороннему изучению этого вопроса»[172]