Морозов всеми силами старался остаться навсегда у Алексея Михайловича первым и главным советником, удаляя от двора всякого, кто не был ему покорен. Одних посылали подалее на воеводства, а других – в ссылку. Последнего рода участь постигла тогда одного из самых близких людей к Царю, его родного дядю по матери С.Л. Стрешнева (1616–1666). Царского дядю обвинили «в волшебстве» и сослали в Вологду; Алексей Михайлович не мог ещё перечить своему всесильному наставнику.
Для упрочения своей власти Морозову хотелось женить Царя так, чтобы новая родня была с ним близка; и он нашёл подобный способ. Был у него верный, лично ему преданный подручник, незнатного роду дворянин Илья Данилович Милославский (1595–1668), у которого имелись две красивые дочери: Мария и Анна. Морозов составил план: выдать одну из них за Царя, а на другой жениться самому.
Боярин расхвалил дочерей Милославского и предоставил Царю случай увидеть их в Успенском соборе на литургии. Самодержец засмотрелся на Марию, пока она молилась. Вслед за тем Алексей Михайлович повелел позвать её с сестрою к царским сестрам, явился туда сам и, разглядевши поближе, нарек её своею невестой. Эта партия была необычной и вызвала различные слухи о том, что «Царя околдовали», «опоили зельем». Ведь избранница Царя была на три года его старше! Такого в истории Царского Дома ещё не бывало.
16 января 1648 года Алексей Михайлович сочетался браком с Мариею Ильиничною Милославской (1624–1669). Свадьба эта, сообразно набожным наклонностям Царя, отличалась тем, что вместо игры на трубах и органах, вместо битья в накры (литавры), как это допускалось прежде на царских свадьбах, певчие дьяки распевали стихи из праздников и триодий.
Брак этот оказался в полной мере счастливым; Алексей Михайлович нежно любил свою жену все двадцать один год супружества. Супругов несомненно сближало то, что оба были ревностными, полноправными православными людьми. Мария, считавшая своей небесной покровительницей Марию Египетскую, была столь же последовательной и столь же непримиримой, как и супруг, в соблюдении церковного обряда, в исполнении всех обиходных норм благочестивого жизнеустроения. Она много и всегда с открытой душой помогала бедным и неимущим, опекала своей заботой некоторые обители и храмы. В народе Мария Ильинична пользовалась почитанием; её называли «благочестивой» и «церкволюбивой».