Поражение Народного фронта во Франции, предательство социалистов, победа Франко, события 1937 года в России, череда политических предательств, мюнхенский сговор, пакт Молотова-Риббентропа разводят Мальро с коммунистами, от которых он, однако, не отрекается публично. Не менее болезненными были разрывы связей с соратниками. Он уходит от Клары, делившей с ним судьбу на протяжении двадцати лет. В книге воспоминаний «Шум шагов. Наши двадцать лет» проницательная Клара Мальро свидетельствовала, что понимала бывшего мужа с самого начала: для него «описанное или нарисованное означало “владение миром”». «Я подозревала, что желание всё превратить в игру шло от жажды острее почувствовать экзальтацию мига». Тяга к авантюризму, упоение на краю бездны сочетаются в личности Мальро со стоицизмом. Годы войн – Второй мировой, в том числе «Странной», а затем последующей «холодной», – сталкивали лицом к лицу со смертью.
Мальро обдумывает свою философию искусства, перекликающуюся с философией жизни. Её ключевое понятие – то же, что и у лучшего романа Мальро «Удел человеческий». Для безрелигиозной этики наследника Ницше, любителя непосредственного чувственного опыта, революционера, избегающего связывать себя партийностью, смелого до безрассудства участника Сопротивления, провозгласившего ещё в начале XX века: «Бог умер», поиски ценности человеческой природы, обращение к миру искусства оборачиваются осмысленным представлением о мире.
В философии Мальро, как и у его других современников-экзистенциалистов, существует трагический разрыв между полнотой, бесконечностью мира и конечностью представлений пребывающего в нём человека. Эта тревожная мысль гениально выражена уже в XVII веке неоднократно цитируемым Мальро Блезом Паскалем: «Пространством Вселенная охватывает и поглощает человека, как точку. Но мыслью и чувством он охватывает мир». Эти мысли, содержавшиеся в эссе «Битва с ангелами», не скоро были опубликованы.
В разгар войны гестапо при обыске в доме Мальро, бежавшего из лагеря военнопленных, арестовало рукопись. Но в Швейцарии в 1943 году вышла её первая часть – «Орешники Альтенбурга». Сам же Мальро под именем полковника Берже принял командование партизанскими частями на юге Франции. Ожидавший расстрела в Тулузе, Мальро вновь чудом спасается после ранения и принимает командование бригадой «Эльзас-Лотарингия», оставаясь в строю до капитуляции Германии.