Для придания легитимности вооруженной борьбе предводители восстания применили метод, активно использовавшийся в период Смуты. Во время похода на Москву Разин объявил о том, что в его рядах находится чудом спасшийся наследник престола – Алексей, сын царя Алексея Михайловича. Царевич Алексей умер в возрасте неполных 16 лет за полгода до начала восстания, в январе 1670 года. Однако его воскрешение в рядах мятежников и использование имени царевича в лозунгах и призывах позволило оправдать ведение войны благими целями: исправить несправедливость и восстановить царевича Алексея в правах престолонаследия. Образ царевича, лишенного права наследовать престол, служил мощным стимулом и яркой идеей, привлекавшей на сторону бунтовщиков дополнительные народные силы.
К октябрю 1670 года под контролем восставших находилась огромная территория, простиравшаяся вдоль Волги от Астрахани до Симбирска. Вооруженные казачьи отряды овладели Саранском, Пензой, Козьмодемьянском, осадили Тамбовский кремль. На борьбу с бунтовщиками были брошены стрелецкие полки.
После ряда неудач 22 октября (1 ноября) царские войска под предводительством князя Ю. А. Долгорукого к северу от Арзамаса наголову разбили разинские отряды. Обозначился перелом в крестьянской войне, и уже к декабрю правительственные войска отвоевали захваченные казаками города.
Сам Разин после ранения при штурме Симбирского кремля был вынужден укрыться на Дону. Он не оставил мысль о новом походе и, едва оправившись от раны, снова начал собирать верные ему войска. Однако зажиточные казаки видели в Разине не только соперника во внутриказачьих делах, но и угрозу ужесточения московской политики на территории казачьего Дона.
13 апреля 1671 года сформированный «домовитыми» казаками отряд под началом атамана Корнея Яковлева разбил соратников Разина, сжег его ставку – Кагальницкий городок, а на следующий день захватил в плен самого предводителя и его брата Фрола. Пленников отправили в Москву на покаяние и суд государя.
2 (12) июня Разиных доставили в Москву, и за короткое время – всего за 4 дня – было проведено следствие. Власти спешили, боясь новых волнений в связи с прибытием вожака восстания в столицу. Разина подвергли допросу под пытками. Задавали в том числе десять вопросов, которые были отобраны лично царем Алексеем Михайловичем.