Понтификат Иннокентия III – это расцвет средневекового папства, апогей папоцезаризма, учения, согласно которому римский понтифик, как наместник Бога на земле – а Иннокентий первым из пап стал называть себя «викарием Христа» вместо «викария Петра», – обладает не только духовной, но и светской властью, и потому венценосные особы должны ему подчиняться. В плане еврейской политики папства понтификат Иннокентия считается худшим периодом. Историк XIX века, отец еврейской исторической науки Генрих Грец даже называет правление Иннокентия и смерть великого ученого Моисея Маймонида в 1204 году двумя главными бедствиями для евреев того времени. Проповеди Иннокентия изобиловали инвективами в адрес иудаизма: он плотский и демонический, близкий к идолопоклонству и греховный, евреи виновны в распятии Христа и регулярном оскорблении христианской веры через насмешки над христианами или строительство слишком просторных синагог, превосходящих церкви по площади. Папа возмущался феодалами, которые вместо того, чтобы держать евреев в черном теле и тем самым пробуждать в них мысли о переходе в христианство, покровительствовали им и поощряли ростовщичество – профессию, распространенную среди евреев в связи с тем, что III Латеранский собор 1179 года запретил ее христианам на основании библейской заповеди «не давать в рост брату своему» (Втор 23:19), а евреев к этому моменту эффективно вытесняли из других профессий – земледелия и ремесла. Под покровительством сеньоров евреи-ростовщики за долги отнимали имения церковных приходов и те теряли свою десятину. Кроме того, они имели наглость непригодное им по законам кашрута мясо и вино продавать христианам. К одному такому графу Иннокентий обращался многократно со все возрастающей угрозой: «мы просим», «мы предупреждаем», «мы требуем», «мы приказываем […] чтобы нам не пришлось самим приложить руки к исправлению этого зла». Гневного письма удостоился и кастильский король Альфонсо, под властью которого, по мнению папы, «Синагога разрасталась, а Церковь уменьшалась».
Тут надо заметить, что «приложить руки к исправлению этого зла» папы особенно и не могли, так как не имели способов прямого воздействия на евреев. В церковном арсенале методов имелось лишь отлучение от церкви, которому, разумеется, можно было подвергнуть лишь христианина. Поэтому, желая наказать еврея, клирики приказывали христианам не иметь с ним дел под страхом отлучения.