Но Тимошенко постарался пойти и дальше. В марте 1941 года он вышел с предложением к Сталину о создании Ставки Верховного главного командования под своим управлением и с огромными полномочиями. На тот момент Сталин всецело доверял руководству Наркомата обороны, но подобное считал более чем преждевременным. Напористость Тимошенко несколько насторожила и заставила задуматься: какова цель всего этого? Для чего нарком обороны и начальник Генерального штаба всеми силами стремятся вывести военное ведомство из-под контроля государственной власти СССР? В тот момент Сталин даже предположить не мог, что руководство РККА пойдёт на невыполнение плана начального периода войны, разработанного по поручению Сталина и утверждённого советским правительством. Суть же состояла в следующем.
На совещании высшего командного состава Красной армии в декабре 1940 года начальник штаба Московского военного округа генерал-лейтенант Василий Данилович Соколовский говорил о главных целях и задачах такого важного вида боевых действий, как оборона. Он напомнил, что главная цель обороны состоит в отражении наступления превосходящих сил противника, нанесении ему максимального урона и удержании важных рубежей, что жёсткая и прочная оборона создаёт условия для перехода в решительное наступление с целью полного разгрома противника. В войне с сильным противником, которым являлась Германия, необходима глубокоэшелонированная оборона. И при построении такой обороны, усилия в которой наращиваются от рубежа к рубежу, не нужно опасаться даже временного оставления части территории. Необходимо допустить и такой вариант развития событий, при котором ударные группировки противника вклинятся в нашу оборону, где будут остановлены и разгромлены. Это создаст условия для освобождения своей территории и овладения территориями агрессора.
Вскоре после этого совещания по инициативе Сталина была введена должность второго заместителя начальника Генерального штаба по организационно-мобилизационным вопросам, на которую уже в феврале 1941 года был назначен генерал-лейтенант Соколовский. Он сразу же занялся разработкой плана разгрома агрессора с помощью жёсткой обороны с последующим переходом в наступление, но только после поражения ударных группировок врага, причём разгрома их на территории Советского Союза.