От Кони ждали обвинительного приговора, служения основам власти, а вышло иначе. «Обвинитель находит, что подсудимая совершила мщение, имевшее целью убить Трепова. Он указывал вам на то нравственное осуждение, которому должны подвергаться избранные подсудимой средства. Вам было указано на возможность такого порядка вещей, при котором каждый, считающий свои или чужие права нарушенными, постановлял бы свой личный приговор и сам приводил бы его в исполнение. Вы слышали затем доводы защиты. Они были направлены на объяснение подсудимой, в силу которого рана или смерть Трепова была безразлична для Засулич – важен был выстрел, обращавший на причины, по которым он был произведен, общее внимание. А то, что последовало после выстрела, не входило в расчеты подсудимой». Именно это сказал на суде Кони. Он осуждал методы Засулич: нельзя человеку единолично вершить правосудие. Но он говорил и о том, что это был протест против произвола и дело вовсе не в Трепове, который безразличен Засулич, а в бесправии, на которое надо было обратить внимание. Позднее он скажет: «По делу Засулич я был слугою правосудия, а не лакеем правительства. Александр III в зале Аничкина дворца в грубых и резких выражениях высказал мне о «тягостном воспоминании и неприятном впечатлении, произведенном на него моим образом действий по делу Засулич». Ныне в этой самой зале я читаю лекции учителям».
В данном случае получается, что Кони солидаризировался с подсудимой, чтобы тоже выразить свой протест и заявить о необходимости реформ.
Стало быть, Анатолий Кони, как бы он ни пытался противостоять всяким новым веяниям или вольномыслию, все же был не консерватором, а либералом, как и его жизнелюбивый отец.
Конечно, он видел и знал дальнейшую судьбу Веры Засулич, потому что сам дожил до 1927 года уже в Советской России. После оправдательного процесса Вера Засулич была тайно переправлена в Швейцарию, где стала одним из лидеров марксистской группы «Освобождение труда». Она и дальше оставалась живым знаменем борьбы за справедливость.
Несмотря на свою нелояльность по отношению к режиму, через семь лет Кони уже был обер-прокурором кассационного департамента Правительствующего сената, в 1891 году – сенатором, а в 1907 году стал членом Государственного совета.
При этом собственной личной жизни и семьи у него не было. И причиной тому во многом была опять его щепетильность. Случилась первая любовь, но Анатолий Федорович не бросился очертя голову в омут страстей. Он считался человеком больным, и ему предрекали жизнь недолгую, а ведь это было еще в 70-х годах XIX века. Знать бы тогда, что он переживет всех предрекавших врачей и собственную судьбу на 50 лет. Встречались на его пути и другие женщины, но их связывали с юристом дружба, совместная работа, письма.