Между членами ГКО были распределены обязанности по руководству важнейшими участками деятельности. Так, вопросами производства вооружения и боеприпасов занимался Берия, самолётов и авиационных моторов – Маленков, бронетанковой техники – Молотов, продовольствия, горючего и вещевого имущества – Микоян, железнодорожных перевозок – Каганович, за подготовку новых войсковых формирований для действующей армии отвечал Ворошилов и т.д. Члены ГКО не освобождались от ранее занимаемых партийных и государственных должностей, опирались в своей деятельности на возглавляемые ими центральные органы и, кроме того, имели одного или несколько заместителей (помощников) по отдельным видам вооружения и обеспечения. При членах ГКО были созданы рабочие группы, в которые входили видные конструкторы, инженеры, плановики, производственники, специалисты по танкам, самолётам, артиллерии, радиоэлектронике, по снабжению армии горючим, продовольствием, снаряжением. Принятые решения вступали в силу немедленно и исполнялись через аппараты ЦК ВКП(б), СНК СССР, наркоматов, прежде всего Наркоматов обороны и ВМФ, а также уполномоченных ГКО. Отдельные задания поручались секретарям компартий союзных республик, крайкомов и обкомов партии, наркомам и их заместителям, видным учёным, руководителям местных органов власти. Масштабы, сроки деятельности уполномоченных ГКО определялись характером выполняемого задания. Наделённые чрезвычайными полномочиями, они имели большие возможности для успешного выполнения поставленных ГКО задач. При ГКО действовали комитеты: транспортный, трофейный, по радиолокации, особый комитет (занимался репарациями, трофейным промышленным оборудованием и т.д.); задания ГКО выполняли другие органы управления. Некоторые из них создавались по мере необходимости. К числу органов, существовавших более продолжительное время, относилось Оперативное бюро ГКО, образованное 08.12.1942 в составе Берии (председатель), Маленкова, Микояна, Вознесенского, Булганина. На него возлагалась обязанность осуществлять контроль за текущей работой всех наркоматов оборонной промышленности, наркоматов путей сообщения, чёрной и цветной металлургии, электростанций, угольной, нефтяной, химической промышленности, а также "за делами составления и исполнения планов производства и снабжения указанных отраслей промышленности и транспорта всем необходимым". Весной 1944 года в ведение Оперативного бюро ГКО дополнительно были отнесены наркоматы резиновой, бумажно-целлюлозной и электротехнической промышленности. 22.08.1944 ГКО отнёс к компетенции Оперативного бюро вопросы, связанные со снабжением Красной Армии и предприятий оборонной промышленности продовольственными и промышленными товарами. Для подготовки к рассмотрению Оперативным Бюро ГКО вопросов снабжения, а также для проверки потребности в продовольственных и промышленных товарах и выявления дополнительных товарных ресурсов было признано необходимым создать Комиссию при Оперативном бюро в составе Микояна, Вознесенского, А. В. Любимова.