На конец ноября 2004 года сумма налоговых претензий ЮКОСу и его дочерним предприятиям за 2000–2003 годы – 24,5 миллиарда долларов США. Из них погашено 3,9 миллиарда долларов США. Счета и активы ЮКОСа, включая 34,5 % акций ОАО «Сибнефть», арестованы. 76,79 % акций «Юганскнефтегаза» арестованы и выставлены на торги.
По данным ЮКОСа, опубликованным на английском веб-сайте компании в начале ноября 2004 года, общая сумма налоговых претензий, предъявленных компании за 2000–2002 годы (с учетом исполнительного сбора и налоговых претензий к дочерним компаниям), в настоящее время составляет 532,4 миллиарда рублей (18,4 миллиарда долларов). ЮКОС в конце октября выплатил около 3,5 миллиарда долларов, погасив недоимку за 2000 год. Эти претензии, исходя из опубликованных ЮКОСом материалов, были наиболее щадящими для компании. Без учета штрафов они составили лишь 45,37 % от выручки ЮКОСа в 2000 году, с учетом штрафов – 67 %. С каждого барреля добытой нефти уплаченные ЮКОСом налоги за 2000 год после погашения недоимки составили 16 долларов (без учета штрафов – 10,5 доллара). При этом, по данным ЮКОСа, в среднем шесть крупнейших нефтекомпаний России (не считая ЮКОС) платили 6 долларов налогов на баррель добытой нефти.
Сумма налоговых претензий и уже уплаченных ЮКОСом налогов за 2001 год с учетом штрафов превышает выручку компании за этот же год на 27 миллионов долларов, за 2002 год сумма претензий и уже уплаченных налогов больше выручки на 566 миллионов долларов. Если же не считать начисленные пени и штрафы, то по логике налоговиков в 2001 году ЮКОС должен был заплатить в виде различных налогов 60 % своей выручки (14,5 доллара с каждого барреля нефти), за 2002 год – 68,7 % (15,7 доллара с барреля). В то же время, как отмечается в расчетах ЮКОСа, в среднем нефтяные компании в 2001 году заплатили в виде налогов 6,1 доллара с каждого барреля добытой нефти, в 2002 году – 8,5 доллара.
По данным Института финансовых исследований (ИФИ), регулярно исследующего налоговую нагрузку на крупнейшие российские компании различных отраслей, в 2001 году лидерами по доле выручки, уплаченной в виде налогов, являлись «Газпром» (43,1 %), «Сургутнефтегаз» (38,7 %) и «Норильский никель» (37,4 %). У большинства других российских компаний налоговая нагрузка не превышала 30 % выручки. В 2002 году налоговая нагрузка на «Норникель» снизилась до 32,3 %, и компания уступила третье место «Роснефти» (34,4 %), на первом месте остался «Газпром» (41,2 %), на втором – «Сургутнефтегаз» (38 %).