Кроме того, в 1898–1904 годах И. Н. Захарьин занимался разбором архива фрейлины графини А. А. Толстой, некоторые материалы из которого были в 1904 году опубликованы в «Вестнике Европы».
Скончался И. Н. Захарьин в 1906 году в Кисловодске.
Сравнительно скудные сведения об этом авторе, тем не менее, рисуют перед нами портрет человека, более полувека отдавшего литературному поприщу. По своим политическим пристрастиям Захарьин принадлежал скорее к умеренной либеральной оппозиции, хотя порой склонялся к консервативно-охранительным взглядам, но не входил непосредственно в тот или иной лагерь, что, в сущности, естественно и объяснимо для человека, так или иначе связывающего свою творческую деятельность с исторической наукой. Именно позиционирование себя как историка, попытка разобраться в истоках, смысле и последствиях тех или иных событий, вызывала в литераторе нежелание полностью принимать узкий общественно-политический взгляд какой-либо партии и следовать ему. Тут уместно вспомнить слова одного из русских историков, старшего современника И. Н. Захарьина, М. П. Погодина: «Кто же более сверху смотрит, как не историк. Только именно историк и может смотреть на события сверху, потому что он знает прошедшее и по этому прошедшему может предсказать и будущее…»
Соотношение недавнего прошлого и настоящего с проекцией будущего, несомненно, глубоко занимало Захарьина. В своей историко-литературной деятельности он стремился к конкретному анализу фактов, тщательно изучал ситуации, с которыми сталкивался в общественной жизни. Как современник Великих реформ Александра II, состоявший к тому же в 1860–1870-х годах на государственной службе в ведомствах, реализовывавших элементы реформ на местах, он имел возможность видеть как положительные, так и отрицательные их стороны, причем непосредственно в живом процессе преобразований, охвативших Россию. Так, например, наряду с благотворностью самой идеи отмены крепостного права И. Н. Захарьин непосредственно наблюдал и восприятие реформы крестьянами (зачастую выражавшееся в бунтах по поводу «утаивания барами подлинной воли», якобы заключавшейся в безвозмездной передаче всей земли народу), и проблемы, связанные с расчетом выкупных платежей (неизбежно приводившие к тяжбам между крестьянами и землевладельцами), и многие элементы непоследовательности, которые заключал в себе план реформы и которые становились очевидными только при конкретной реализации преобразований на местах, и многих других. А в отношении серии очерков «Воспоминания о Белоруссии» критики справедливо отмечали, что автор, убежденный приверженец русификации западнорусского края, «приводит, однако, факты, которые раскрывают весь вред этого направления». В последнем случае, правда, следует говорить не столько о действительном «вреде» русификации бывших польских воеводств, а о тех опасностях общественно-политического взрыва, которые мог вызвать этот процесс, неправильно поведенный, и многочисленных нюансах, которые он порождал. Но, в любом случае, замечание указывает на амбивалентность проблемы, поставленной И. Н. Захарьиным, и различные трудности на пути ее решения.