В то время, когда Таранатха жил в Джомонанге, в XVI и начале XVII века, главный монастырь традиции Джонанг процветал, располагаясь между большим монастырем Сакья к западу и политически влиятельными монастырями школы Гелуг в Лхасе, к востоку. Близость Джомонанга к этим большим монастырям способствовала духовному обмену между линиями и учителями.
Однако XVII век был временем междоусобиц и сектантства в Центральном Тибете, и традиция Джонанг, как и другие религиозные течения этого региона, оказалась жертвой политических репрессий, которые привели в 1630-х годах к гражданской войне. Вероятно, это и подтолкнуло Таранатху к развитию идей несектантства и неполитического буддизма и вдохновило на восстановление и расширение монастырей Джонанг и восполнение их библиотек. К сожалению, многие плоды этой деятельности были уничтожены вскоре после его ухода: в 1642 году монгольский хан Гушри убил короля Цанга Карма Тенкьонга, и Джомонанг, оставшись без покровителя, был занят Далай-ламой V. Тексты Таранатхи были заперты в печатном доме Пунцог Линг в Джомонанге и опечатаны, а распространение его трудов – запрещено.
Несмотря на все эти события, традиция Джонанг смогла выжить и впоследствии даже развиться, уйдя на некоторое время в подполье. Многие ее практики вошли в традиции Гелуг, Сакья и Кагью, а целостность передачи сохранили преданные последователи. Учреждением, сумевшим сохранить свою принадлежность к линии Джонанг, является монастырь Шер Дзамтанг в местности Голок, построенный учеником Долпопы по имени Кажипа Ринченпал. Он стал и остается главной резиденцией этой традиции. В XIX веке мастер из Жалу по имени Лосел Денкьонг смог растиражировать тексты из Пунцог Линга, и все труды Таранатхи стали широко доступны.
Традиция Кадам
Традиция Кадам была основана Дромтонпой, выдающимся учеником великого бенгальского мастера Атиши (982–1054). Слово «кадам» состоит из двух слогов: «ка» – все учения Будды, «дам» – инструкции, помогающие человеку обрести Просветление. Это название как раз отражает суть учения, которое Атиша установил в Тибете.
Кадампы, то есть последователи школы Кадам, были довольно известны и уважаемы за свое серьезное отношение к практике Дхармы. Самыми известными учениями этой традиции были учения Атиши о ламриме («Этапы пути») и бодхичитте (позже эти особые наставления стали известны как лоджонг).