Важнейшей заслугой Пирогова является внедрение в Севастополе совершенно нового метода ухода за ранеными, что предполагало тщательный отбор (сортировку) уже на первом перевязочном пункте в зависимости от тяжести ранений.
Пирогов по справедливости считается основоположником специального направления в хирургии, известного как военно-полевая хирургия.
В 1855 году Пирогов был избран почётным членом Императорского Московского университета.
Вернувшись из Крыма в Петербург, Пирогов на приёме у Александра II рассказал императору о проблемах в войсках. После этой встречи в 1856 году предмет деятельности Пирогова изменился – он был направлен в Одессу на должность попечителя Одесского учебного округа, а через два года – Киевского округа.
Он попытался реформировать сложившуюся систему образования, но его действия и независимость привели к конфликту с властями, и ему пришлось оставить должность попечителя Киевского учебного округа. Вместе с этим он 13 марта 1861 года был назначен членом Главного правления училищ, после ликвидации которого в 1863 году, пожизненно состоял при Министерстве народного просвещения Российской империи.
В 1862 году Пирогова направили руководить обучающимися за границей русскими кандидатами в профессора. Кандидаты были ему очень благодарны; об этом, например, тепло вспоминал нобелевский лауреат И.И. Мечников.
Находясь заграницей, Н.И. Пирогов в 1865-1866 годах издал свой гениальный труд «Начала общей военно-полевой хирургии, взятые из наблюдений военно-госпитальной практики и воспоминаний о Кримской войне и Кавказской экспедиции» (62). В нём он уделил внимание гигиеническим вопросам, здесь прозвучали его знаменитые фразы «Я верю в гигиену!» … «Будущее принадлежит медицине предохранительной».
Фото 19. Титульный лист книги Н.И. Пирогова «Начала общей военно-полевой хирургии, взятые из наблюдений военно-госпитальной практики и воспоминаний о Кримской войне и Кавказской экспедиции», 1941
С 1866 года Н.И. Пирогов уединился в своём небольшом имении «Вишня» неподалёку от Винницы, где организовал бесплатную больницу. Он ненадолго выезжал оттуда только за границу, а также по приглашению Императорского Санкт-Петербургского университета для чтения лекций.
Относительно надолго Пирогов лишь дважды покидал имение: первый раз в 1870 году во время франко-прусской войны, и второй раз в 1877-1878 годах – несколько месяцев работал на фронте во время русско-турецкой войны.