Фауст спешит на помощь в темницу к Маргарите, которую постепенно покидает рассудок, и предлагает ей побег. Девушка отказывается принять помощь нечистой силы и остается ждать казни. Вопреки ожиданиям Мефистофеля, Господь принимает решение спасти душу девушки от мук ада и объявляет свой вердикт: «Спасена».
Вторая часть представляет собой поэтический философский текст, который заключает в себе множество зашифрованных символических и мистических ассоциаций и неразрешимых загадок. Эта часть более эпизодична, чем первая. Она состоит из пяти актов с относительно самостоятельными фабулами. Действие переносится в атмосферу античного мира, где Фауст сочетается браком с Еленой Прекрасной. Фауст и Мефистофель сводят знакомство с императором и предпринимают ряд мер по улучшению благосостояния его подданных.
Художественный мир второй части – это сложное переплетение между средневековьем, где происходит действие первой части, и античностью. Для понимания текста необходимо хорошее знание древнегреческой мифологии.
От союза Елены и Фауста появляется сын Эвфорион. Когда он вырастает, то устремляется ввысь и разбивается. Исчезает и Елена, оставив лишь одежду на руках у Фауста. Эта сцена имеет символическое значение. Проводится мысль о том, что нельзя копировать античное искусство, можно использовать формальную сторону, но содержание должно быть современным. Эвфорион унаследовал красоту матери и беспокойный нрав отца. Он представляет собой символ нового искусства, которое, по мнению Гете, должно соединять античную гармонию и современный рационализм. При этом сам Гете данный образ ассоциирует с образом Байрона.
В последнем пятом акте Фауст, вновь постаревший, вернулся в современный ему мир, занимается постройкой плотины для блага человечества. Гете рассуждает о смене эпох, как разрушении старого феодального мира и начале новой эпохи, эпохи созиданий. Но созидание не может быть без разрушения, свидетельство чему – смерть двух стариков.
На исходе жизни ослепший Фауст, слыша звук лопат, переживает величайший миг в своей жизни, полагая, что его работа принесет большую пользу людям. Ему невдомек, что это по заданию Мефистофеля лемуры (ночные духи) копают его могилу. Вспомнив про контракт с Мефистофелем, Фауст говорит том, что лишь осушив болота и создав плодородный край, он попросит остановить мгновенье его жизни. Но умирает по предсказанию духа Заботы, отомстившего за смерть невинных стариков.