Существовало мнение, что госпитальеры уже к середине XII в. были духовно-рыцарским орденом. Но военная тема не присутствовала в Уставе ордена вплоть до 1182 г., а затем упоминалась весьма кратко. Ни один Генеральный капитул не рассматривал этот вопрос до 1206 г. Орден не располагал прошедшими военную подготовку монахами; командиры, маршал и кастеляны появились только в 60-х гг. XII в.
Фактически свидетельства об организации военного крыла ордена скудны и неубедительны. Только после передачи госпитальерам Бетгибелина в 1136 г. у них появляются воинские отряды. Орден вполне мог унаследовать оружие от европейских рыцарей до 1143 г. Письмо Раймона, возможно написанное им в 20-х гг. XII в., дает основания предположить, что госпитальеры сражались в Святой земле, но текст его неясен, и, возможно, его слова – это метафора. Констебль появился у госпитальеров в 1126 г. Держатель этого военного титула мог иметь те же самые обязанности, что и появившийся позднее маршал; но в начале XII в., как указывалось, он был обязан только снабжать пилигримов лошадьми и вьючными животными. Раймон дю Пюи находился в войске короля Балдуина II, когда тот совершил рейд на территорию Аскалона в 1128 г., но он мог просто входить в свиту короля. Этот недостаток свидетельств уводит историков в область догадок при установлении причины появления у госпитальеров военной составляющей. Было высказано предположение, что изменение в организации ордена произошло после появления тамплиеров и было мотивировано ревностью к могущественному сопернику. Утверждалось, что опыт, полученный в Испании и на путях пилигримов в Палестине, вынудил госпитальеров задуматься о своем участии в военных действиях. Подчеркивалось, что этот шаг был вынужденным, вызванным реальными потребностями Латинской Сирии.
В XIII в. Жак де Витри писал, что госпитальеры начали носить оружие, следуя примеру тамплиеров. Основанный как духовный, орден тамплиеров подпитывался энтузиазмом мирян, увлекаемых идеалом крестоносцев. Но недавно появившиеся свидетельства дают возможность предполагать, что в начале своего существования орден едва не распался и что святой Бернард в «Похвале новому рыцарству» был далек от того, чтобы бить в литавры и призывать к служению, но своим произведением сделал попытку спасти орден от распада. И вероятно, такое рыцарство никак не могло вызывать к себе зависть у соперника. Также нет и доказательств существования братьев-воинов ордена в Испании. Последние исследования доказали, что в первых филиалах госпитальеров в Наварре упор делался на мирную проповедь и сбор милостыни. И дарение ордену в 1131 г. третьей части королевства Арагон ясно показало, кто есть кто: с одной стороны госпитальеры, заботящиеся о бедняках, а с другой – тамплиеры, сражающиеся в защиту христианства.