Часто говорят и пишут, что показания о начаянном самоубийстве Дмитрия были получены посредством угроз и насилия. Нагих заточили в тюрьму, вдову-царицу – в монастырь. В Угличе пролилась кровь многих людей.
Факт жестоких преследований угличан засвидетельствован многими источниками. Но эти гонения, как удается установить, имели место не в дни работы следственной комиссии Шуйского, а несколько месяцев спустя. Комиссия не преследовала своих свидетелей. Исключение составил случай, точно зафиксированный в следственных материалах. «У распросу на дворе перед князем Васильем» слуга Битяговского «изымал» царицына конюха Михаила Григорьева, обвинив его в краже вещей дьяка. Обвинения подтвердились. Писчик Углицкого приказа, присутствовавший при расправе, показал, что конюх начал бить Михаила Битяговского и избил до смерти Данилку Битяговского. Вдова дьяка сообщила в своей челобитной, что именно конюх с сыном убили ее мужа. В своих показаниях Григорьев уточнил, что приказ убить дьяка исходил от царицы и Михаила Нагова.
Джером Горсей (1550–1626). С картины А.Д. Литовченко 1875 года
Григорьевых взяли под стражу. На этом репрессии против угличан в дни следствия закончились.
22 мая митрополит Геласий отслужил молебен и предал земле тело Дмитрия. Царского сына похоронили не в родовой усыпальнице московских государей в Кремле, а в той церкви, куда его внесли после роковой прогулки. Комиссия не дозволила переодеть мальчика: на нем оставили ту одежду, в которой он гулял перед смертью – рубаху с пояском, нижнюю белую рубашку, красные башмачки. По преданию, все восемь дней, пока тело лежало в храме, царица сидела подле него.
Смерть Дмитрия произвела в Москве сильное впечатление. Повсюду тайно шептались, что виновны во всем Годуновы. Слабоумный царь был испуган. При дворе ждали смуты.
Годуновы использовали московские события, чтобы навсегда избавиться от Нагих. 2 июня в Кремле собрались высшие духовные чины государства, и дьяк Щелкалов прочел им полный текст угличского «обыска». Как и во всех делах, касавшихся царской семьи, в угличском деле высшим судьей стала церковь. Устами патриарха Иова церковь выразила полное согласие с выводами комиссии о нечаянной смерти царевича, мимоходом упомянув, что «царевичю Дмитрию смерть учинилась Божьим судом».