Ситуация, сложившаяся в Москве к моменту трагедии, носила критический для правительства характер. Над страной нависла непосредственная угроза вторжения шведских войск и татар. Власти готовились к борьбе не только с внешними, но и с внутренними врагами. За одну-две недели до смерти Дмитрия они разместили на улицах столицы усиленные военные наряды и осуществили другие полицейские меры на случай народных волнений. Достаточно было малейшего толчка, чтобы народ поднялся на восстание, которое для Годунова могло кончиться катастрофой.
В такой обстановке гибель Дмитрия явилась для Бориса событием нежелательным и, более того, крайне опасным. Факты опровергают привычное представление, будто устранение младшего сына Грозного было для Годунова политической необходимостью. Вместе с тем рушится предвзятая оценка угличского «обыска».
Следственные материалы сохранили по крайней мере две версии гибели Дмитрия.
Версия насильственной смерти всплыла в первый же день дознания. Ее выдвинули дядья царицы Нагие. Но среди них не было полного согласия.
Андрей Нагой сидел с царицей за столом, когда произошло несчастье. Он живо описал, как «закричали на дворе, что царевича не стало». Нагая сбежала «сверху», и он, Андрей, «прибежал туто ж к царице», а «царевич лежит у кормилицы на руках мертв, а сказывают, что его зарезали, а он того не видел, хто его зарезал».
Безо всякой паузы Андрей рассказал далее о припадках «черной болезни» у царевича и о том, что тот играл перед смертью ножом. Тем самым он косвенно подтвердил версию о нечаянной смерти Дмитрия. Показания Андрея принадлежали к числу самых важных: он видел мертвого царевича одним из первых и «был у царевичева тела безотступно и тело он царевича внес в церковь».
Дядья царицы, Михаил и Григорий Нагие, обедали у себя на подворье и не сразу явились к месту происшествия.
По словам Григория, они «прибежали на двор, ажно царевич Дмитрей лежит, набрушился сам ножем в падучей болезни… и на двор прибежали многие люди… и почали говорить, неведомо хто, что будто зарезали царевича». Таким образом, Григорий прямо подтвердил версию нечаянной смерти внучатого племянника.
Показания Григория только в одном пункте расходились с показаниями Андрея. По словам Григория, когда он с братом прискакал ко дворцу, «царевич ещо жив был и при них преставился». Неточность в его показаниях может быть объяснена. Очевидцы говорили, что Михаил Нагой был «мертв пиан», «прискочил на двор пиян на коне». Григорий же пил за обедом вместе с Михаилом.