Иногда у нас русские товарищи всех смешивают: таджика с узбеком, узбека с туркменом, армянина с грузином. Это, конечно, неправильно. Таджики – это особый народ, с древней большой культурой, и в наших советских условиях им принадлежит большая будущность. И помочь им в этом должен весь Советский Союз. Я хотел бы, чтобы их искусство было окружено всеобщим вниманием».
В 1944 году Бободжон Гафуров, секретарь ЦК КП Таджикистана по агитации и пропаганде, приступает к изучению, точнее – воссозданию истинной истории таджиков. Но это дело оказалось не из лёгких, у него достаточно много противников. Один из них – профессор Сергей Толстов. В своих докладах и статьях он обвиняет Гафурова в присвоении таджиками культурно-исторического наследия иранцев в Средней Азии. Толстов настойчиво требует, чтобы это наследие было отнесено ко всем тюркоязычным народам Средней Азии.
Статус партийного деятеля, руководителя идеологического фронта республики дает Гафурову возможность быть смелым и бороться присущими ему способами с недругами таджикского народа. В начале 40-х события Великой Отечественной войны обязывают Бободжона Гафурова обратиться к историческим событиям давних лет.
Тыловой фронт в те дни был фронтом борьбы за поставки продовольствия и за подготовку новых сил. Главной же силой на том фронте была вера в победу. В самые тяжелые дни войны Бободжон Гафуров публикует свою большую статью «Таджики на фронте» в «Известиях». В этой статье он описывает героизм таджиков на передовых и на тыловых фронтах войны, их самоотверженную борьбу за победу.
Бободжон Гафуров призывает работников слова и пера обратиться в этой борьбе к истории. В своих работах «Герой таджикского народа Темурмалик» и «Восстание Муканны» он и сам воссоздает подвиги героев таджикского народа. Позже его духовный учитель Садриддин Айни в своем письме к другу Мухаммаджону Рахими признается, что написал свое произведение «Восстание Муканны» по просьбе Бободжона Гафурова.
В 1944 году на ХV пленуме ЦК КП Таджикистана Бободжон Гафуров избирается вторым секретарем ЦК Компартии Таджикистана. А в июне 1946 года – первым секретарем.
Из воспоминаний академика Евгения Петровича Челышева со слов самого Гафурова:
«…Мне было трудно в 40-е годы оберегать таджикскую интеллигенцию от репрессий. Но тогда я был секретарем ЦК КП Таджикистана, и со мной не могли не считаться. А сейчас я просто директор института, хотя и академик. В то трудное время кто-то из ближайших помощников Берии спросил меня: “Почему, товарищ Гафуров, в списках «врагов народа» почти нет таджиков? У вас в республике, наверное, органы госбезопасности плохо работают, а вы их не контролируете”. Знаете, что я ему ответил: “Среди таджиков нет врагов народа, они все друзья народа”. Этот тип тогда покраснел от злости и, наверное, настучал на меня Берии.