Источники XVII века в пределах границ Тотемского уезда зафиксировали несколько небольших монастырей-пустыней. Располагались они, как правило, в отдалённых от уездного города волостях и улусцах. В местной топонимике сохранилось свидетельство о Шахто-Печенгской пустыни на «ходучей стороне» Сухоны при впадении в неё речки Войманги. Время её основания неизвестно. В «Дозорной книге города Тотьмы с посадом и уездом 1619 года», а также в «Писцовой и межевой книге Тотемского уезда 1622–1625 годов» содержатся сведения о следующих пустынях: Леонидова на реке Реже в Важской Верхотине (ныне в пределах Сямженского района Вологодской области), Никольская Бабьеозерская у Галицкого рубежа (ныне – в Бабушкинском районе), Негренская Федосеевская на реке Сухоне в волости Сученьга (ныне – в Нюксенском районе), Введенская Зосимо-Савватиевская в волости Заозерье (на севере современного Тотемского района)[5].
После Смуты и разорения литовскими людьми и русскими «ворами» Тотемского посада вместе со Спасо-Сумориным монастырём, уцелевшими монахами последнего была предпринята попытка создания уединённой пустыни на Блохиной горе, «меж Печенгские и Вотчинские волости», однако в «Писцовых книгах Тотемского уезда 1676–1679 годов» «займище Блохина гора» показано уже пустым[6]. В южной части волости Толшма в середине XVII века зафиксирована Новая Алексеевская, или Игошевская, пустынь, но и она к концу того же столетия прекратила существование[7]. Неудачей закончилась и попытка создания пустыни в Тиксненской волости. В архиве Устюжской епархии хранилась челобитная грамота, которую в 1694 году направил архиепископу Великоустюжскому и Тотемскому Александру иеромонах Спасо-Суморина монастыря Протасий. В этом документе испрашивалось архиерейское благословение о «позволении строить церковь над мощами преподобного отца Вассиана и собирать монахов на этом месте». Протасий просил возвести на месте погребения Вассиана храм во имя Живоначальной Троицы, выделить для содержания будущего монастыря «чудотворную землю», заранее оговаривая её точные границы, место под мельницу на реке и соседнее озеро. Церковь была построена, но Вассианов Спаса-Нерукотворного образа Тиксненский монастырь просуществовал недолго – он был упразднён ещё «до штатов 1764 года»[8].
Голубинская и соседняя с ней Ретчинские пустыни стояли во второй половине XVII века на левом берегу Сухоны у впадения в неё речек Голубица и Ретча (ныне – в Междуреченском районе), всего в 7 верстах друг от друга. В 1687 году Ретченская пустынь была приписана к Голубинской, а последняя просуществовала до 1764 года