Во время эмиграции (1919–1928) Мария Федоровна продолжала оставаться в мыслях со своей покинутой родиной. В письме великому князю Николаю Николаевичу 21 сентября 1924 года императрица высказала свое отрицательное отношение к Манифесту о принятии великим князем Кириллом Владимировичем императорского титула и отождествляла себя с русским народом и церковью православной: «Молю Бога, чтобы Он не прогневался на нас до конца и скоро послал нам спасение путями Ему только известными». Императрица Мария Федоровна умерла 30 сентября (13 октября) 1928 года и была захоронена в Дании.
В начале 2003 года представители семьи Романовых – князья Дмитрий и Николай – обратились к городским властям Санкт-Петербурга с просьбой о перезахоронении праха императрицы Марии Федоровны в Петропавловском соборе рядом с могилой ее супруга императора Александра III. Просьба была поддержана президентом Российской Федерации В.В. Путиным и королевой Дании Маргретой II.
26 сентября 2006 года прах императрицы Марии Федоровны на датском военном корабле «Эсберн Снаре» был торжественно перевезен в Россию.