Это мешало научному осмыслению включения души и духа человека в научный дискурс и использованию психологических подходов, получивших позднее название экзистенциальных.
Проблемы смысловых аспектов жизни и деятельности человека, сохранения и воспроизведения физического, творческого и нравственного потенциала нации были осознанны Толстым в период пред- и послереформенной России. Речь шла о духовном преображении России, о роли и месте наук о человеке в этом процессе.
Толстой уловил нерв эпохи, ситуацию кризиса гуманитарного знания, неубедительность философских, антропологических объяснений жизни и роста популярности психобиологических и психосоциальных моделей объяснения жизни человека, к которым начала тяготеть отечественная интеллигенция, и которые в XX веке стали препятствием преодоления гуманитарного кризиса в науках о человеке. Как показала жизнь, Толстой обнажил вред позитивизма, когда он еще только зарождался.
Триггером явилась статья Н.Г. Чернышевского в журнале «Современник» «Антропологический принцип в философии». Можно с уверенностью говорить, что именно это, а не литературные разногласия с членами коллегии журнала, послужили причиной выхода молодого Толстого, уже известного писателя, из журнала «Современник» и его острого замечания, что в науках о человеке создается одиозная ситуация «сведения души человека к нервам лягушки», замене души понятием психика. (Как мы знаем, в советское время в рамках отечественной психологии понятие души было вынесено за скобки, что создало огромные трудности в практиках работы с человеком и невозможности опираться на онтологические категории). Понятие смысла, нравственности, совести исключалось из научного оборота и не имело научного объяснения и оставалось в ведении церковных деятелей или писателей.
Видимо, именно практическая педагогическая деятельность в организованной им школе в Ясной Поляне, принципы «опыта свободы», вопросы «чему, как и зачем учить» в совокупности с на редкость зрелыми статьями в журнале «Ясная Поляна» создают огромное экспериментальное пространство спора Толстого не только с «абстрактной эмпирической педагогикой» Западной Европы и России, но и впервые в мировой науке на примере педагогических практик предлагаются вполне выполнимые для учителей-новаторов пути выхода из гуманитарного кризиса. Впервые Толстой выступает с психологических позиций. Так зарождается его экзистенцальная педагогика: педагогика диалога, опоры на онтологические категории жизни человека и понимания антропности духовности и в целом педагогика духовной жизни человека.