После того как столица была перенесена в Москву (март 1918 г.), Мартов также переехал туда, чтобы оставаться в центре политических событий. Он возобновил свое участие во Всероссийском центральном исполнительном комитете, был избран депутатом Московского Совета. Играя, как кошка с мышкой, Ленин то усиливал, то несколько ослаблял преследование меньшевиков (такой характер поведения Ленина был предсказан еще в начале века, когда в меньшевистском издании появилась серия карикатур «Как мыши кота хоронили»).
Мартов участвовал в IV Всероссийском съезде Советов (март 1918 г.), на котором он выступил против ратификации Брестского мирного договора с Германией и призывал создать такую власть, которая нашла бы силы и возможности, чтобы сорвать этот мир[19].
Вскоре после этого, в апреле, произошло его столкновение с И. В. Сталиным, которого он в газете «Вперед» обвинил в участии в «эксах» и сообщил, что нынешний нарком по делам национальностей был в свое время исключен из партии. Оскорбленный Сталин потребовал наказания. Трибунал печати, впрочем, приговорил Мартова лишь к общественному порицанию «за легкомысленное для общественного деятеля и недобросовестное в отношении народа преступное пользование печатью»[20]. Обратим внимание на уклончивый характер этого «приговора», в котором существо вопроса обходилось полностью. Создается впечатление, что это решение было вызвано тем, что сами судьи оказались под влиянием аргументации Мартова. Иначе как же объяснить, что требование Сталина признать Мартова клеветником удовлетворено не было и трибунал постановил оставить жалобу Сталина без дальнейшего рассмотрения? Свою аргументацию Мартов еще более усилил через несколько лет, опубликовав уже в эмиграции статью «Таинственный незнакомец», в которой доказывал, что в 1910 г. Закавказский комитет РСДРП исключил Сталина из партии за участие в ограблении банка[21].
Выступления Ю. О. Мартова и других меньшевиков против большевистского террора, за поворот к демократическим нормам управления Россией, его боевые статьи в московской газете «Вперед», ставшей центральным органом меньшевистской партии, выступления на заседании ВЦИК и Московского Совета вызывали все большее озлобление власти предержащей. 14 июня ВЦИК принял резолюцию об исключении из своего состава меньшевиков и правых эсеров. Резолюция требовала также, чтобы Советы всех уровней удалили представителей этих партий из своего состава. Так Мартов лишился и второго своего «советского» поста – в Московском Совете.