С начала войны по декабрь 1941 года Особыми отделами НКВД было арестовано 2343 шпиона, 669 диверсантов, 4647 изменников, 3325 трусов и паникеров, 13887 дезертиров, 4295 распространителей провокационных слухов, 2358 «самострельщиков». 27 декабря 1941 года И.В. Сталин подписал постановление ГКО СССР о государственной проверке (фильтрации) военнослужащих Красной Армии, бывших в плену или в окружении войск противника.
После победоносного Сталинградского сражения, продолжавшегося 200 дней и ночей, стратегическая военная инициатива перешла к советским войскам.
Военная разведка к весне 1943 года также осуществила ряд весьма успешных операций по проникновению в спецорганы и школы абвера. Возрастала масштабность задач, стоявших перед Особыми отделами, по ограждению войск от агентуры противника, надежному контрразведывательному обеспечению предстоящих стратегических наступательных операций Красной Армии на советско-германском фронте. В связи с этим было принято решение о реорганизации органов госбезопасности.
Согласно постановлению СНК СССР № 415-138 сс от 19 апреля 1943 года, подписанному И.В. Сталиным, из ведения НКВД СССР было изъято Управление Особых отделов, в том числе и морской отдел этого управления, на базе которых было образовано Главное управление контрразведки «Смерш» НКО и Управление контрразведки «Смерш» НК ВМФ.
Всего за годы войны военной контрразведкой было обезврежено более 30 тысяч шпионов, около 3,5 тысячи диверсантов и свыше 6 тысяч террористов. К немцам, за линию фронта, было заброшено свыше 3 тысяч агентов.
За период с 19 апреля 1943 года до окончания войны органами ГУКР «Смерш» НКО СССР было проведено 183 радиоигры. Подобного размаха работы не знала ни одна спецслужба в мире. Дезинформация, передаваемая гитлеровцам, способствовала успеху Курской битвы, Белорусской, Ясско-Кишиневской, Висло-Одерской и других операций.
17 июля 1944 года по улицам нашей столицы было проконвоировано 57 600 немецких военнослужащих, взятых в плен в ходе блестяще проведенной (под руководством К.К. Рокоссовского) операции «Багратион», которая явила собой великолепный образец воинского искусства. В победе, одержанной в Белорусской операции, несомненно, была частица напряженного труда военных контрразведчиков, успешно осуществивших мероприятия по дезинформации немецкой военной разведки и командования вермахта.