В 1841 г. по инициативе директора училища Генерального штаба подполковника И. М. Маркова (вступил в должность в мае 1837 г.) в училище введены должности младших преподавателей восточных языков. Тем самым произошло подразделение преподавателей восточных языков на две категории – старших и младших. На должность последних были приглашены бывшие воспитанники училища, служащие Оренбургской Пограничной комиссии коллежские регистраторы Искандер Батыршин (татарский язык) и Василий Костромитинов (арабский и персидский языки). Костромитинов перед назначением на должность выдержал экзамен по восточным языкам в Санкт-Петербургском университете и был признан «способным к их преподаванию». В 1842 г. М. И. Иванов ушел в отставку по расстроенному здоровью, и место старшего преподавателя татарского языка занял В. Костромитинов. На должность младшего преподавателя арабского и персидского языков поступил М. Бекчурин.
В 1844 г. училище было преобразовано в Неплюевский кадетский корпус. В 1848 г. в России программы кадетских корпусов подверглись существенному изменению. В соответствии с ними, Неплюевский кадетский корпус был разделен на два эскадрона – первый и второй, с разными программами обучения. Для первого эскадрона была установлена программа, существовавшая в «европейском» отделении, а для второго – программа «азиатского» отделеления с изучением арабского, персидского и татарского языков[38]. В самостоятельные предметы были выделены физика, химия, механика, математическая и физическая география. Изменения коснулись и программ преподавания русской словесности и истории[39]. Однако каких-либо изменений в программе преподавания восточных языков не произошло. В 1854 г. было введено новое Положение о Неплюевском кадетском корпусе, по которому кроме трех ранее существовавших классов вводился «приготовительный» класс с двухгодичным обучением. В целях «ближайшего применения курса Оренбургского Неплюевского кадетского корпуса к мирным потребностям Оренбургского края и к специальному кругу службы кадет» преподавание европейских языков в первом «европейском» отделении было прекращено, а взамен введено преподавание арабского, персидского и татарского языков[40]. Одновременно были увеличены штаты преподавателей восточных языков.
Летом 1857 г. в Неплюевский кадетский корпус был командирован из Петербурга чиновник штаба Е. И. В. главного начальника военно-учебных заведений статский советник В. Н. Семенов, в задачу которого входило изучение учебного процесса в корпусе и выработка необходимых рекомендаций по его совершенствованию. Необходимость улучшения учебной программы корпуса признавал и новый оренбургский и самарский губернатор генерал-адъютант А. А. Катенин, считавший необходимым приблизить ее к программам других военно-учебных заведений империи. При этом учитывалось и недовольство дворянства Оренбургской и особенно Самарской губерний действовавшей программой, тем, что обязательное изучение в 1-м эскадроне трех восточных языков – арабского, персидского и татарского, лишало их детей прав, которыми пользовались выпускники других подобных военно-учебных заведений, и они были вынуждены служить на пограничной линии и в башкирских кантонах, «где в удалении от общества, не находя для себя никакого умственного занятия, забывая все, чему учились, они поневоле коснеют в праздности»