Тем временем в ночь на 2 сентября «Хейнкели» из KG4 «Генерал Вефер» совершили налет на Шлиссельбург. Основной удар наносился по Угольной пристани и рейду, где стояло множество различных судов. При этом часть самолетов сбрасывала на парашютах мины донные LMB. Поскольку советские моряки были уже давно знакомы с этими «адскими машинами», их падение было сразу замечено. Тральщики ТЩ-63, ТЩ-100, «антимагнитные» катерные тральщики «Коммунист» и «Комсомолец» получили приказ немедленно начать траление. Однако обнаружить мины не удалось. А уже в 8.37 2 сентября у правого берега реки напротив Угольной пристани под катером Р-34 прогремел мощнейший взрыв. В результате он быстро затонул вместе со всем экипажем. В этот же день в районе Прохоровской дачи в результате авиаудара была потоплена баржа с эвакуированными из Карелии.
3 сентября около причала в городке Новая Ладога, расположенном в устье реки Волхов, в ходе очередного налета был сильно поврежден пароход «Симферополь». При этом произошел вопиющий случай, говоривший о том, что отнюдь не все граждане в этот роковой час думали о спасении страны и Ленинграда. Среди тяжело раненных пассажиров судна оказался и известный советский государственный деятель, публицист и шахматист Александр Федорович Ильин-Женевский. Не приходя в сознание, он умер в госпитале, при этом местные героические санитары обокрали покойного, вынув у него из карманов именной револьвер, золотые часы и бумажник. Пораженная столь откровенным мародерством, жена Ильина-Женевского, известная балерина, покончила с собой.
4—5 сентября корабли Ладожской военной флотилии вместе с эсминцами и канонерскими лодками Отряда кораблей реки Невы под командованием капитана 1-го ранга В.С. Черокова, стоявшими у станции Понтонная, вели огонь по противнику в районе села Ивановского. При этом корабли подвергались постоянным ударам авиации. 5-го числа немецким летчикам удалось повредить канонерскую лодку «Селемджа». От близкого взрыва бомбы пострадали левый борт и палуба, вышла из строя часть оборудования.
Фюрер ликовал и уже готовился праздновать победу. Вечером 5 сентября он провел совещание в «Волчьем логове», своей секретной гауптквартире в Восточной Пруссии, после которого начальник Генерального штаба сухопутных войск генерал-оберст Франц Гальдер записал в своем дневнике: