В смутных 1990-х комплекс скорее выживал, чем развивался. Хотя ВВЦ и считался выставкой, но только на бумаге, формально. На его территории развернулась бешеная коммерческая деятельность: павильоны сдавались в аренду, невзирая на целевое использование и респектабельность арендатора. Здесь быстро возникли склады, точки продажи бытовой, компьютерной техники, а также разнообразных товаров народного потребления. Арендаторам, которые тоже боролись – кто за выживание, а кто за быстрые деньги, – было не до сохранения уникальных интерьеров. Хотя здесь работал парк аттракционов, а в павильоне «Центральный» для молодежи и студентов проводились некоторые физические опыты, открылись первые кооперативные рестораны, но разруха и облик бойкого рынка отпугивали многих.
В самом конце 1990-х – начале нового тысячелетия вместе с подъемом страны стал вставать на ноги и ВВЦ.
В условиях развивающейся рыночной экономики ВВЦ столкнулся с крайне непростой задачей – сохранить уникальный ансамбль и традиции, заложенные более 70 лет назад. В сложной политической обстановке важно было сохранить контакты с бывшими союзными республиками, многие их которых объединились в СНГ. Именно на территории ВВЦ находятся коммерческие представительства Киргизии, Армении, Республики Беларусь. С полным правом можно сказать, что это самый крупный и наиболее посещаемый выставочно-ярмарочный комплекс страны и СНГ.
Выставочный центр – это исторический ансамбль, но он не может не развиваться, поэтому здесь возводятся новые павильоны, воплощаются новые проекты с учетом современных тенденций выставочной отрасли в условиях глобализации. Созданный трудом многих поколений советских и российских тружеников на средства государственного бюджета, Всероссийский выставочный центр – подлинное национальное достояние России. И одной их важнейших задач центра является сохранение и развитие его архитектурного, досугового и выставочного ансамбля. Это живой городской организм, где кипит жизнь, заключаются сделки, предоставляются выставочные, информационные, рекламные и транспортные услуги, проводятся культурно-массовые мероприятия, сдаются в аренду офисные и торговые площади, склады. При этом здесь сохраняется статус парка для семейного и молодежного отдыха.
Хотя есть очень грустные потери, которые связаны с хозяйственной деятельностью, небрежением или отсутствием денег на реставрацию. Так, за последнее двадцатилетие были утрачены три совершенно особенных павильона – «Урал» 1939 года (позже «Профессионально-техническое образование»), «Мороженое» 1954 года, который был построен в виде снежной горы с моржом, лакомившимся мороженым, и «Охота». Когда-то перед бывшим павильоном «Авиация и космонавтика» стоял сначала самолет Ту-104, а затем – Ту-154, который был единственным сохранившимся опытным образцом лайнера с бортовым номером 85005 1968 года выпуска. Этот самолет в течение 40 лет был музеем. Посетители – а их было несколько миллионов – могли посидеть за штурвалом лайнера. Редкий и заслуженный самолет в 2008 году был распилен на металлолом. Исчезли в 1994–1996 годах почти все экспонаты павильона «Космос», среди которых были и макеты первых советских спутников.